ATACseq之Read10X-h5报错：需下载hdf5r R包

在复现scATACseq官网教程的过程当中，读取数据时报错显示缺乏hdf5r包，导致无法对数据进行正常读取。此贴为记录如何解决为何无法按照官网教程下载hdf5包。

报错来源

首先，第一步想的当然是去install.package来下载这个R包。

GitHub - hhoeflin/hdf5r

但这个操作显示了no-exit status（类似这种，反正就是没法下成功）。

这时候会考虑到是不是下包的方式出问题了…换了几种下包的方式，都无法成功。

这里的问题其实是缺乏编译hd5的编译库，也就是libhdf5-dev这个东西（应该是这样说吧…我的环境比较新，所以容易出现缺失的情况）

解决方式

如果你是root用户的话，这件事情就很好解决（请看代码段）

# 按照报错提示
sudo apt-get install libhdf5-dev

如果不是root的话，请如下操作，成功的几率会大大增加。

GitHub - spack/spack: A flexible package manager that supports multiple versions, configurations, platforms, and compilers.

# Method one：使用Spack
# 下载并安装 Spack
git clone https://github.com/spack/spack.git
. spack/share/spack/setup-env.sh

# 使用 Spack 安装 hdf5
spack install hdf5

第一种方法我没下成功…给大众作为参考，可以试试看，不失为一种思路。

# Method two：下载hdf5编译源
# 下载 HDF5 源码
# 下列网址，自己在浏览器上看看是不是准确的
wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.10.5.tar.gz
tar -xzvf hdf5-1.10.5.tar.gz
cd hdf5-1.10.5

# 配置和安装到用户目录，例如 $HOME/hdf5
## 配置
./configure --prefix=$HOME/hdf5
## 编译
make
## 安装
make install

# 设置环境变量（在~/.bashrc中）
export HDF5_DIR=$HOME/hdf5
export PATH=$HDF5_DIR/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HDF5_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH

# 设置之后
source ~/.bashrc

# 检查是否安装成功
make check (这步可省)
## 检查 HDF5 安装配置
h5cc -showconfig
# 检查 HDF5 库版本
h5dump -V

第二种方法是我实践后成功下载好编译库的。这之后就开始下载hdf5r包。But我直接通过install.package()下载失败。改成 先下载hdf5r安装包；再直接install.package(,repo = NULL, type = 'source')这样就下载成功了。

当然，肯定还有其他的下载方式，我就没有探索了。如果有其他下载成功或是出现什么问题，欢迎交流~（虽然我懂得不多）