KEGG两类报错--①No gene can be mapped--②URL ‘https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway‘…

①No gene can be mapped

找到的相关链接处理办法如下：

用clusterProfiler包做KEGG富集分析遇到的问题

报错过程：

首先，我们知道进行KEGG分析之前需要转换基因名（SYMBOL->ENTREZ），更改后的基因部分如下所示：

（以上可以排除基因不存在的错误因素）

出现错误

KEGG.res <- enrichKEGG(gene=sig.genes.id, organism='hsa')
--> No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID:
--> return NULL...
NULL

究其原因

1. 网络问题，可以等待之后再试一下（试过不是）

1. 版本问题，重新安装一下clusterProfiler包

packageVersion('clusterProfiler')
[1] ‘4.2.0’

解决办法

重新安装R包

devtools::install_github("YuLab-SMU/clusterProfiler")
# 可能会报错说确实其他的包（因为我 不允许其更新其他的包），优先选择更新所有

conda install -c conda-forge r-data.table
conda install -c conda-forge python-igraph

devtools::install_github("YuLab-SMU/clusterProfiler",force = TRUE)
packageVersion('clusterProfiler')
[1] ‘4.7.1.3’

成功

②KEGG下载的网络问题——In addition: Warning message: In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) : URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway': status was 'Failure when receiving data from the peer'

原因

KEGG网络问题。有时候重试可以解决。

解决办法

设置‘自动’模式的下载方法。也可以解决~~

library(R.utils)
getOption("clusterProfiler.download.method")
R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto")

参考：https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/issues/572