生物技能树（R第四节）
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首先双击打开R_02.Rproj
02_rpackages.R
一、函数与参数
1.形式参数与实际参数
2.写函数的函数
#function：创造别的函数
3、复习：绘图函数plot()
给向量画图：
相同的代码，不同的数据画图
用iris的前四列，每一列画一个点图：
用函数代替复制粘贴
4.练习
答案：
1.A,C,E
2.
> jimmy <- function(a,b=2,m=1){a^b-1}
> jimmy(a=5)
[1] 24
二、R包（R package）
1.R包介绍
- 多个函数的打包存放
- 包含数据、函数，帮助文件、描述文件等
- 为什么需要安装R包（特定的分析功能，需要用相应的包实现）
- 伪问题：学一个R包要多久？
##在不打开脚本的情况下，全选运行它
在R语言中，source() 函数用于读取一个R脚本文件（通常是以 .R 为扩展名的文本文件），并逐行执行该文件中的代码。这使得你可以将一段代码或多个函数保存在一个文件中，然后在其他R脚本或R会话中调用这个文件，而不必重新输入所有代码。
函数的基本语法如下：
source(filename)
这里的 filename 是要执行的R脚本文件的路径和名称。如果文件在当前工作目录中，你只需要提供文件名；否则，你需要提供完整的路径。
例如，如果你有一个名为 myscript.R 的文件，它包含了一些R代码或函数定义，你可以使用以下命令在R会话中执行这个文件的内容：
source("myscript.R")
如果 myscript.R 文件位于不同的目录，例如在 /home/user/Rscripts 目录下，你需要提供完整的路径：
source("/home/user/Rscripts/myscript.R")
2.R包安装
1.CRAN网站
安装命令：
install.packages()
2.Bioconductor
需要先安装BiocManager这个R包，然后使用BiocManager::install(“R包名字”)函数
安装命令：
旧命令：BiocInstaller::biocLite()
新命令：BiocManager::install()
3.github
需要先安装devtools这个R包，然后使用devtools::install_github(“作者用户名/R包名字”)
R包只知道名字，不知道哪里来的怎么办？官网搜索/百度一下来自哪里
安装命令：
devtools::install_github()
##要求必须把R包作者的用户名写上去
devtools::install_github("jmzeng1314/包名")
理解安装和加载：类似于在手机上装软件，安装类似于下载淘宝，加载就是类似每次打开淘宝的操作,每次打开一个新的session加载一下所需的R包
3.怎样实现快速的下载？
使用镜像，镜像是境外网站被各种机构搬运到境内的网站
1.常用镜像地址
清华镜像
http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
中科大镜像
http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/
2.设置镜像的方法
1.tools-global options-packages
#此方法只能设置CRAN的镜像，没办法设置Bioconductor的镜像
3.代码设置
options(“repos”=c(CRAN=“http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/”))
options(BioC_mirror = “http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/”)
4.R包安装和使用的逻辑
R包安装成功的唯一标准：library()没有error
#只是起类似作用
5.报错的解决办法
满分操作，分情况讨论
require与library类似，加载R包用的，library会报错，require不会报错，
if(!require(stringr))install.packages(“stringr”)
require返回是否安装了stringr这个包，返回了F，用！转换成了T
if函数：当括号内的逻辑值为T时执行后面的语句，如果逻辑值为F则不执行
因此整句话的意思是：如果没有安装stringr就安装它
1.加载R包
- library(tidyr)
library是每次打开session都要运行的
library有没有error是R包是否安装成功的金标准 - require(tidyr)
和library的区别：
遇到不存在的包的时候，library会报错，require只会warning，脾气比较好
可以用as.logical()转换为逻辑值，或者放在一个需要放逻辑值的地方即可
用于检查某个R包是否加载了，如果没有则加载它
6.拓展阅读：使用pacman包来方便快捷的批量管理各种r包
1.学R语言要高冷：能no就no
2.学linux要乖乖听话，叫yes就yes
3.pacman包可以批量管理R包
7.练习4-2 安装以下所有的包
data.table
rio
tibble
ggplot2
ggpubr
eoffice
patchwork
tidyr
dplyr
stringr
qlcMatrix
安装后加载，library是检验是否安装成功的金标准
if(!require(data.table))install.packages("data.table")
if(!require(rio))install.packages("rio")
if(!require(tibble))install.packages("tibble")
if(!require(ggplot2))install.packages("ggplot2")
if(!require(ggpubr))install.packages("ggpubr")
if(!require(eoffice))install.packages("eoffice")
if(!require(patchwork))install.packages("patchwork")
if(!require(tidyr))install.packages("tidyr")
if(!require(dplyr))install.packages("dplyr")
if(!require(devtools))install.packages("devtools")
if(!require(qlcMatrix))devtools::install_github("cysouw/qlcMatrix")
if(!require(stringr))install.packages("stringr")
#自己安装时报错
qlcMatrix安装失败，查找安装方式如下
搜索：qlcMatrix R包
发现R包已经从CRAN上移除，可以找出老版本，百度一下如何安装旧版本：
install archive cran package
添加链接描述
可以挑选第四种方式安装一个老版本：0.9.7,我模拟第四种方案代码：install.package(“~/software/ArchR/ArchR-master.zip”,repo=NULL,type=“source”)
1.直接下载压缩包后本地安装，把qlcMatrix_0.9.7.tar.gz包下载在工作目录下
install.packages(“qlcMatrix_0.9.7.tar.gz”,repo=NULL,type=“source”)
2.直接输入网址安装，直接用链接代替，不用下载
#给链接赋值
ad=https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/qlcMatrix/qlcMatrix_0.9.7.tar.gz
if(!require(qlcMatrix))install.packages(ad,repo = NULL)
library(qlcMatrix)
3.接着查找github上是否有次R包：
site gitbhub qlcMatrix，限定github搜索
#先下载devtools R包
install.packages(“devtools”)
library(devtools)
#用github安装qlcMatrix R包
devtools::install_github(“cysouw/qlcMatrix”)或
if(!require(qlcMatrix))devtools::install_github(“cysouw/qlcMatrix”)
library(qlcMatrix)
2和3方法都能安装成功
8.R包安装常见疑问
1.提示信息
检查是否有error，没有就忽略
2.package not available
原因1：包名写错
原因2：安装命令使用错误
原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符（极少），R语言版本99%的情况下没有问题，但它总是被无辜怀疑
原因4：包过时被剔除
Bioconductor:removed packages
CREN:archive packages
3.是否更新？是否。。
问是否update先n不行再y，如果说依赖包的版本不够新，则需要取消加载-卸载-重启session-安装
懒惰策略，能不更新就不更新，除非一直报错。
不想回答：安装命令参数：update=F,ask=F
更新一个包：取消加载，卸载，重启session，安装
4.加载A包，报错B包不存在
5.网络问题
网络问题：connection、internet、url、404、http、download
没联网？校园网设置？镜像没设置？镜像崩了？
6.not writable/permission denied
说明是权限问题，暂时解决办法：以管理员身份打开R Studio，或者设置一下电脑权限，MAC电脑不需要此操作
#可按照小洁老师的方法（R语言和R包安装），把R语言和Rstudio的权限设为最高，设置为完全控制电脑
添加链接描述
7.如果出现？？？？有可能是中文用户名惹的祸，需要设置一下环境变量，见课前答疑文档
8.总结
9.练习
test = read.csv("exercise2.csv")
筛选test中，Species列的值为a或c的行
#三种方式
熟练运用%in%
test[test$Species!="b",]
test[test$Species=="a"|test$Species=="c", ]
最佳解决方案：
test[test$Species %in% c("a","c"),]
9.R包的使用场景
10.R包如何使用，获取帮助
1.快速查看帮助文档，很有用！！！
?sd
2.找R包介绍页面
#直接搜
limma package
#代码查看作者写的在线教程，不是每个包都有Vignette
browseVignettes("limma")
3.列出某个包里面包含的所有函数和数据
ls("package:limma")
三.总结
1.模式图总结
2.R语言里的符号
3.认清函数和数据
函数：括号前面的英文单词都叫函数
形式参数：就是参数的名称，函数括号里等号前的内容，熟练后，形式名称可以省略
实际参数：函数括号里等号后边的内容，或者没有等号，形式参数省略，只剩实际参数
数据框或矩阵：【】前的英文单词
列表：【【】】前
文件名：文件名称出现在代码里永远带引号，
包：library()
四. 尝试画图
install.packages("ggstatsplot")
library(ggstatsplot)
ggbetweenstats(iris,x = "Species", y = "Sepal.Length")
查看帮助文档，试着运行帮助文档里的代码，看能出什么图
?ggbarstats
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