蛋白质结构的测定与理论预测

第一部分——蛋白质结构的实验测定

根据蛋白质的状态，测定蛋白质三维结构的方法主要分为三大类：①X射线晶体衍射图谱法（X-ray crystalloraphy）和中子衍射法测定晶体中的蛋白质分子构象；②核磁共振法（Nuclear Magnetic Resonance,NMR）测定溶液中的蛋白质分子构象③电子显微镜二维晶体三维重构（电子晶体学，electron crystallography）现在主要是冷冻电镜技术（Cryogenic Electron Microscopy,Cryo-EM法）。

X射线衍射可以确定原子精度的结构。对于有机分子和蛋白质，可以给出几百到上万个原子的相对坐标。衍射方法的空间分辨率是由X射线源的波长决定的。测得的原子位置的精度还收到晶体衍射能力的限制。因此使用这种方法测定蛋白质结构需要生产足够量的、可溶的、稳定的、由生物功能和活性的蛋白质。

核磁共振法

核磁共振是指磁矩不为零的核在外磁场的作用下，核自旋能级塞曼分裂（Zeeman splitting）,共振吸收某一特定频率的射频（radio frequency,RF）辐射的物理过程。

NMR法不需要制备蛋白质晶体的基本过程，但这种方法仅限于分析长度不超过150个氨基酸残基的小蛋白质。

NMR法测定蛋白质三维构象的特点是：①可测定溶液中接近于生理状态的蛋白质构象；可测定小分子和蛋白质作用的动力学过程；③可测定蛋白质可变形的尾部的构象，它往往和蛋白质的活性功能紧密相关；④NMR法是一种非损伤性测定法，对样品无破坏作用

电子显微镜二维晶体三维重构

电子显微镜在结构生物学中的应用成为解析大型蛋白质生物复合体、病毒乃至细胞器的三维纳米分辨率结构的有力手段；同时，电子显微镜二维晶体学在膜蛋白的三维精细结构解析上也有特殊优势。冷冻电子显微镜解析蛋白质三维结构方法的优点是可直接获得生物大分子在接近胜利条件下的结构及构象变化、无需结晶、所需样本量相对较少、研究对象广泛，适合解析大分子复合物（分子量大于80kDa的蛋白质、病毒及复合物）的三维精细结构，且样品分子量越大、对称性越高，越容易区分异质性，从而越容易获得高分辨率结构，此外，冷冻电镜技术已经将生物大分子复合物的结构解析能力拓展至原子分辨率水平，在膜蛋白结构解析和小分子药物及疫苗的开发中显露出巨大的潜力。