【问题解决】AttributeError: ‘ColormapRegistry‘ object has no attribute ‘get_cmap‘，获取指定名称的颜色映射scanpy库源码问题

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1 问题描述

2 解决方法

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1 问题描述

最近在弄空间转录组学算法，跑别人代码的时候有时需要把图像可视化，调用scanpy.pl.spatial函数的时候出现下面的问题，说ColormapRegistry并没有get_cmap这个函数。

这是scanpy在调用matplotlib库的函数时出现的问题，get_cmap是matplotlib中的一个函数，用于获取指定名称的颜色映射。

2 解决方法

这可能是由于matplotlib不断升级，导致有些函数改变了位置（可能原因），现在get_cmap函数在matplotlib.cm中

具体的解决方法如下：

1）在scanpy库文件夹找到出问题的文件./scanpy/plotting/_tools/scatterplots.py并打开

2）在scatterplots.py中导入matplotlib库（前面找一行输入import matplotlib）

3）找到第163行（添加第二步中的语句前为162行）如下

4）将163行函数改为matplotlib.cm.get_cmap并保存

5）重新启动jupyter lab后就可以正常运行了