todo待续

todo：
1，如何获取转录本、启动子等bed文件，从gtf等注释中

2，bed注释gene的方法

findoverlap、chip类peak注释函数，bedtools工具的使用等

3，每篇博客下面的todo

4，先占个坑

ChIP/ATAC：待更新

主要参考TNBC-project/5,Other_omics at main · MaybeBio/TNBC-project · GitHub，

GitHub - mdozmorov/ChIP-seq_notes: Notes on ChIP-seq and other-seq-related tools

主要就是参考seu-实践

以及srtp/投稿部分code（SE/CRC——》TCGA——》RTN——》cox model）套路走

5，hic数据处理pipeline

Hi-C Processing Pipeline – 4DN Data Portal

6，之前博客的遗留问题，比如说GSEA以及超几何test

其实很多问题在于：
1，如何找对工具，也就是一整个处理体系的工具：权威公众号固然可，但建议直接看CNS中的methods

2，之后如何设置正确参数集（还是建议看methods）
3，按照模块复现，一定要注释好，便于后面继承以及修改对接