参考我的上一篇博客https://blog.csdn.net/weixin_62528784/article/details/142236123?spm=1001.2014.3001.5502，
在处理完compartment模块之后，加下来要处理的就是TAD模块了，当然实际上这几个模块都是可以并行处理的，并没有严格的先后顺序，包括下一篇loop系列；
说回到TAD，传统的TAD分析可以说是有几种工具、有多少种分辨率就会有几种不同的结论，所以大多数hic数据分析过程中如非比亚并不会深入到TAD层面；
本人TAD分析中以hicexplorer为主，所以其对应TAD模块部分要熟悉：
以及GENOVA中TAD部分指南
1，首先是识别TAD：
此处使用hicexplorer的hicfindTAD函数来识别TAD，
具体细节参考官网https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/tools/hicFindTADs.html
脚本其实很简单，类似PDX-HiC_processingScripts/8.TADs.sh，
脚本参考https://github.com/MaybeBio/TNBC-project/blob/main/3%2CTAD/TAD_find_merge.sh、https://github.com/MaybeBio/TNBC-project/blob/main/3%2CTAD/TADs.sh，
实际修改后为：HiC_pipeline/pipeline/hic 基础pipeline骨架/01_TAD_find_merge.sh，
本意上是call出了多个分辨率下的TAD，接下来想要将多个分辨率的数据合并起来，因为单个res下的TAD本身数据波动很大，不同工具以及不同res差异比较大，所以最开始的想法很简单，直接合并所有res下的数据，至少可信度高一点
（参考https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/tools/hicMergeDomains.html，但是实际执行过程发现merge TAD会报错，所以不不建按照脚本中先call再merge操作，直接使用某一合适res进行call即可，本人选用40kb或20kb）
hicMergeDomains将来自hicFindTads的多个TAD域文件作为输入。它将不同分辨率的TAD合并到一个TAD域文件中，考虑已知TAD结合位点的蛋白峰，并计算出TAD的依赖图；
可以将各种分辨率的数据都call出来，然后使用merge domian将所有的TAD都合并起来；
不能用上全部数据也不能合并，建议还是使用单一res的数据；
事实上我们可以发现：
hicexplorer中也有merge loop的函数，可以考虑是否要在loop数据中合并多分辨率数据？
后1篇博客分析的时候我们发现实际上mustache中，原始脚本也在tsv层面上进行了loop结果的合并，不过那是后话了。
一些需要注意hicfindTAD参数的地方：
参考https://github.com/deeptools/HiCExplorer/issues/119
2，识别差异TAD并分析：
（1）识别差异TAD：
依旧是使用hicexplore中的函数hicDifferentialTAD
参考https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/tools/hicDifferentialTAD.html
脚本参考https://github.com/MaybeBio/TNBC-project/blob/main/3%2CTAD/diff_TAD.sh，
即HiC_pipeline/pipeline/hic 基础pipeline骨架/02_diff_TAD.sh，
但是这里分析出来的差异TAD实际上绘图的效果与传统分析TAD边界来识别差异的方法是不一致的，
当时做的时候：很难绘制以及表述出来这种差异识别的原理，而且边界也没有那么容易处理（使用一维边界的信息来建模的话），肯定有bp差异，所以不能人工注释，必须使用工具；
此处参考使用工具：https://github.com/wikk-chy/diff_tad_type
能够承接hicexplorer，且上游也是使用hicexplorer处理的
使用工具的执行脚本https://github.com/MaybeBio/TNBC-project/blob/main/3%2CTAD/diffTAD/type.sh，
即HiC_pipeline/pipeline/hic 基础pipeline骨架/03_diff_TAD_type.sh以及统计的04_stat_diffTAD.sh
依据github中样本文件的格式，应该是问题出在bedtools上，
理论上来讲，应该是将处理之后的交集部分的TAD文件双方的信息都写入；
最后修改上只是在代码后面加了-wa，-wb部分
因为确实仅仅只是-a或-b的话，只能获取重叠区域——还是4列
代码中需要的是8列
然后获取了这些文件：
前3个是原始输入文件，中间是交集不用管
末尾4个文件才是重点
现在手头上有了这些变异类型的TAD的domain的bed信息，
比如说是：
首先每个文件夹中control的tad都是HMEC的tad bed文件
test tad是对应TNBC细胞系的tad bed文件
diff是两者的差异tad的bed文件
然后具体diff中分shift，fusion，separate
可以发现主要是这3类TAD，还有这3类之外的TAD没有进行处理，不过重点就focus在这3类上了
注意理解掌握算法原理，如何计算以及标注这些对应的边界信息等，不是传统的1维bed边界计算
（2）hicexplorer分析差异TAD模块：
继续使用hicexplorer中的函数hicInterIntraTAD：
https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/tools/hicInterIntraTAD.html
提取和计算不同的外部间和内部TAD值和比率，仅仅作为出图展示
类似于neighbor分析，需要解读分析：
参考HiC_pipeline/pipeline/hic 基础pipeline骨架/06_hicInterIntraTAD.sh
再看看hicexplorer中还有没有什么能够分析TAD的工具
（3）TAD绘图展示：主要使用hicexplorer中工具hicPlotTADs
也可以试试看之前的工具，**看看已经call出来的TAD是否能够配合到前面的juicebox track
使用juicebox或者之前对应的higlass软件以及其他的一些能够直接绘图的hic软件**
下面开始使用hicPlotTADs函数（可以试一下hicplotmatrix）
基本参考：
https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/tools/hicFindTADs.html
https://github.com/dozmorovlab/UO_project_2021/tree/main/05_differential_tads
注意，绘图的ini文件中最好不要加注释，可以编写一个脚本，将绘图配置文件ini以及各种可选参数作为命令行参数输入，写一个普适性比较强的脚本；
整体脚本参考https://github.com/MaybeBio/TNBC-project/blob/main/3%2CTAD/plot%20TAD/plot_TAD.sh或
https://github.com/MaybeBio/TNBC-project/blob/main/3%2CTAD/plot%20TAD/plot_TAD_2.sh
即HiC_pipeline/pipeline/hic 基础pipeline骨架/05_plot_TAD.sh、pipeline/hic 基础pipeline骨架/05_plot_TAD_2.sh。
绘图的track设置文件ini参考：
https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/tools/hicFindTADs.html
https://github.com/dozmorovlab/PDX-HiC_processingScripts/blob/main/8.TADs-plotsettings.ini
https://github.com/dozmorovlab/UO_project_2021/blob/main/05_differential_tads/tracks.ini
以及参考https://github.com/MaybeBio/TNBC-project/tree/main/3%2CTAD/plot%20TAD中
可以搭配辅助的track：
CTCF等蛋白结合的bigwig文件
loop的bedGraph文件
区室的bedGraph文件
其他track的bed或者是bw文件
感兴趣顺式调控元件EPC的bed或者是bw文件等
绘图这里其实就可以参考后续研究中与转录相关的感兴趣的gene等位点了，
比如说是SE的bed文件，CRC的bed文件等
GWAS发现的风险位点等：
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-02898-w#Sec29
hg参考gene的ref位点的bed文件：
https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/
可以直接到ucsc的table浏览器上下载，但是暂时没有找到symbol的，都是ncbi或者是ucsc的自己的gene id，或者是ens
虽然建议下载ensemble，然后上面也可以找到id转换的文件，总之什么ref都可以，
但是效果像下面这样很不好，有空可以自己id转换一下，
下面直接使用dchic中自动生成的hg19的symbol id的bed文件
当然这个refgene的bed有issue相关：
https://github.com/ay-lab/dcHiC/issues/73
（4）其他TAD的统计分析等：
HiC_pipeline/pipeline/hic 基础pipeline骨架/07_TAD_Width.sh
其中统计脚本https://github.com/magmarshh/TADWidth?tab=readme-ov-file
待补充
（5）GENOVA分析TAD模块：
主要设置以及文件导入依然参考compartment分析部分的Rmd文件
https://github.com/MaybeBio/seu-TNBC-project/blob/main/2%2CCompartment/ABsaddle.Rmd（1700行以下）
整理后见HiC_pipeline/pipeline/hic 基础pipeline骨架/08_TAD_genova.Rmd
首先是官方建议方面：
①绝缘评分分析：
本质上其实就是TAD识别的一种算法，所以
②边界绝缘信号分析（绝缘评分）+其他组学track：理论上可以搭配IGV以及juicebox：
本项目使用HMEC中的TAD边界bed作为比对基础，分析该bed坐标在TNBC中的情况，主要是看该坐标在TNBC中的绝缘评分，看有没有降低，以及搭配其他CTCF（TAD边界的一种常见保守信号）以及H3K27ac信号（主要是SE等），但是需要注意：用的是什么bed边界坐标，是HMEC的TAD边界还是TNBC的TAD边界（这个很重要，TNBC数据nature文献是以HMEC的bed作为基础对照，实际上分析的可能不是TNBC的边界，而只是HMEC的边界这一块坐标在TNBC中会怎么样变化）！！！
另外需要注意的是hicexplorer以及GENOVA都能够识别TAD，所以都能够提供边界bed文件，理论上来说如果要统一分析的话那识别TAD就应该使用GENOVA全套的内容
使用的TAD边界bed文件有hicexplorer中的，也有genova中自己的产生的；
各自效果不同，建议统一即可：
一些絮絮叨叨
前者是hicexplore中的，后者是genova中的，前者的效果就是在TAD边界上有局部最低的绝缘评分，但是使用genova绘制的图却没有这个效果，而且很奇怪
实际上后者绘制的效果和前者hicexplorer中使用domains.bed文件一样的效果，我觉得应该是GENOVA中自己写代码将domains与boundary的bed文件1混淆了，重新修改再跑
其实查看hicexploer中跑出来的结果：
domain和boudary的bed文件实际上是差不多的，
不对，实际上看一下，其实边界bed文件中比较窄，而且边界差实际上就是res大小，但是domain的bed实际上范围更大，所以所以实际上两者不能够混淆，
该使用边界bed文件的地方就应该使用hicexplorer中的边界的bed文件
该使用domain的bed文件的时候就应该使用genova中自身的TAD call或者是hicexplorer中的domaind的bed文件！！！！！！！！！！
应该是边界以及TAD domain都是有宽度的，但是两者的宽度不是一个级别，明显domain的宽度即TAD的大小肯定是比边界大的
hicexplorer中获得的文件肯定是行的，无论是边界还是domain文件，
但是都需要转换
但是genova中自身获得的只有TAD的bed文件
我如果给的是genova自身TAD的bed文件+center，那看的确实是domian内部的绝缘评分，而不是TAD边界的评分，
但是如果bed_pos修改为start或者是end的话，
实际上查看hicexplorer中所获得两个bed文件就可以看出，
TAD的起点或者是终点就是边界的中点，边界大小实际上就是TAD起点或者是中点左右衍生一半res数据而已
所以看绝缘评分的时候，给出边界的bed文件，但是给出center；与给出domian的bed文件，但是给出start或者是end的效果是一样的，只不过周围绘制的时候给出domian肯定会比边界更长距离
而且因为domian的边界是相互连接的，即连续的数据
所以我的genova中本身call出来的结果中就是这种效果，就是因为是domain文件，
所以可以使用【1:3】来获取边界信息
或者是bed_pos中选用start或end，都可以绘制边界上的信号
所以
如果要看TAD上domain全局的信号：
可以使用hicexplorer中的domain的bed文件，或者是genova中自身call 出来的TAD就像上面那张图那样
如果要看TAD边界上的信号：
可以使用hicexploer中边界的bed文件，或者是genova中自身TAD call出来的选用【1:3】，或者是bed_pos修改为start或end
我期望的效果是这样的：
至于效果，可以从绝缘评分的bio意义出发，就说是边界的绝缘能力得到了削弱。
另外：
比对bed信号的话，如果没有问题，一律使用HMEC的bed信号，TNBC的bed信号就暂时不使用了；
①主要是TAD边界以及domain内部的bed文件
边界好说，主要是如何进行统计检验p
以及domain内部的绝缘评分如何进行分析？
②寻找其他bed文件：
使用增强子的bed文件，包括allE以及TE以及SE的bed文件
但是最后的绘制效果并没有明显的生物学意义以及推论
首先是使用HMEC中的allE+TE+SE文件进行分析比较，然后其次是TNBC的同理
SE区域是绝缘评分的局部极值点极大值
另外还有CTCF的bed文件，
但是TNBC使用的bed文件是分散的，可以取交集，或者是取并集
对于3个narrowpeak文件：
可以效仿前面对应的SE的文件一样，直接取交集：
此处直接选择合并之后取并集
但是发现则这样的话数据差异会非常大
效果还可以，但是不知道如何解释，只能说与之前研究一致——但是需要说明结果的一致性以及唯一性：
还是需要一个TAD尺寸的小提琴图说明，然后使用区域以及边界的信号说明只有边界的绝缘评分是最低的，
所以后面CTCF评分如果也拉长到全chr上的尺度也能说明最后结果就是边界上富集CTCF
还有一个就是k27ac的信号：
可以在40kb内部再做一个相应的CTCF之类
然后边界之类互作可以使用RCP+定量化
可以将TAD边界以及其他track的bed文件都整一个远超于尺寸得范围，
比如说TAD是连续的，然后整个区域上就边界最低
然后其他的区域可以同样，比如说如果SE全尺度内是最低的，那就说明TAD边界富含SE这个结论
絮絮叨叨完毕
③ATA分析：聚集TAD分析，还是②中的问题，本项目处理的是bulk TAD，事实上在分析出差异TAD之后应该按照差异TAD进行分类，然后对不同类的TAD进行聚集分析之类
通过在TADs周围聚集Hi-C基质，可以在全球范围内研究TADs。在总体TAD分析(ATA)中，由于TAD有不同的大小，所以它们被重新缩放到一个统一的大小，然后将结果在整个基因组中平均
解读分析：总之是将全基因组范围内TAD周围的hic互作矩阵聚集在一起，因为TAD具有不同的大小，所以将其统一缩放到一个统一的大小
显示所有TADs及其周围的平均接触分布；
同样像区室一样，可以对结果进行定量化quantify再分析，
GENOVA中有很多函数是通用的，比如说quantify等需要注意
絮絮叨叨
使用10kb的数据，并进行后续的定量化分析，绘制相应的ggstat的p检验的图
其实一直有一个奇怪的地方，就是识别出来的TAD是连续的，当然TAD在chr不是全部都有
但是识别出来的TAD就是连一块的连续区域
有个问题corner减弱，但是TAD邻居增强
以及比边界文件实际上是连续的
也不对，换个思路，使用的全都是HMEC中的TAD文件
絮絮叨叨结束
④TAD+N分析：即intra内部互作，与inter外部邻居互作比较，本质上还是边界分析
此处的neighbor分析，以及ATA分析和绝缘评分分析，以及上面hicexplorer中的hicInterIntraTAD分析，结合起来，可以分析TAD边界的破坏与否
TAD+N分析：即intra内部互作，与inter外部邻居互作比较
可以结合前面hicexploer中绘制出来的邻居互作比例（hicInterIntraTAD），本质上还是边界分析
絮絮叨叨
边界+neighbor分析
可以绘制这个文件的散点图，xy轴分布+线性回归
絮絮叨叨结束
⑤其他一些统计指标：
比如说是size统计，
3，可以深入分析的模块：
（1）差异TAD部分：
可以参考UO_project_2021/05_differential_tads/
尤其是separate与fusion之类的TAD，可以在对应的边界上分析CTCF的结合情况以及对应motif方向的分析；注意差异TAD有很多类型，不是笼统地在所有TAD边界上分析
（2）进一步结合SE以及CRC部分
（3）TAD对于转录调控的影响：自己本来的计划可以从pre3中看看内容todo
https://github.com/robinweide/GENOVA/issues/272参考，
至于·TAD层面的转录，主要是TAD差异的对象做不了什么特异性的分析，
如果要寻找差异的TAD对象，可能是边界shift，fusion，或者内部de novo子TAD生成，
但是gene还是gene，和边界无关，
和TAD相关，但是TAD不好定量，
要找特异性TAD内部的gene，最后还是要转入到loop层面
边界分析主流是enhancer劫持，那还是loop分析
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