生信分析所需的服务器计算平台

一般分析生信数据，基本上都需要在大型服务器上去处理，以及执行任务；

一则是linux系统便利，二则是生信测序大数据普通PC难以处理，

这篇博客的问题就在于如何解决服务器需求的问题，包括云VPS

1，实验室有矿，或者就是做计算的，反正有服务器

2，看看能不能在导师帮助下到计算组趁一个服务器账号，

3，超算平台看看能不能跑；

好了，废话不多说了，写这篇博客就是为了解决白手起家的case问题：

1，R：

（1）pc上的R+Rstudio，换其他的R的IDE也可以，前提自己pc够叼

（2）在线平台：

①rstudio官方在线平台https://posit.cloud/，每周限时（配置比较鸡肋）

②intel devcloud：

没有sudo以及root权限，用不了Rstudio-server，但是可以R+jupyter作为IDE。

安装R很简单，用mamba search装最新版的r-base；

装jupyer并配置为IDE：只需要在jupyter中安装R内核IRkernel即可；

教程参考：

https://mp.weixin.qq.com/s/O0Xxlvr-R-lLkMOZUgTUAQ

https://mp.weixin.qq.com/s/WhDYzzXYTIL3ScPIjKZ0pw

https://mp.weixin.qq.com/s/1tRMd-ONTutDG9zW-TGb6w

https://mp.weixin.qq.com/s/UFq_GwkA671nOsd9poGoLw

（https://notebooks.edge.devcloud.intel.com/）

但是注意！！！

Jupyter中并不能正常安装R包，目前个人亲测有效的方法是：
在jupyter当前的环境env中，在命令行中mamba search并安装R包，比如说

mamba search ggpubr  #实际上linux中的R包会比较有特征性，例如r-ggpubr，或者直接以bioconductor为前缀，这一点实际也可以去bioconda搜R包
mamba install -y r-ggpubr=最新版本

或者可以直接去bioconda频道查看，

或者可以去对应R包的github官网等，

总之，要注意不要在命令行中进入R，做install.packages（），是不进入R编辑器直接在外面linux中用mamba搜索并安装！

总之，涉及到R包的管理安装之类，统一在外面环境中mamba进行，然后就可以打开同一环境下的jupyter开始玩耍了！

jupyter+R弥补了没有rstudio-server的图像IDE的缺点，虽然没有rstudio做的好，但是没有sudo/root权限的最佳上策。

③google colab：https://colab.research.google.com/

能够以jupyter形式运行R

2，python：

（1）pc上的vscode，或anaconda（带jupyter）

（2）在线平台：

①google colab（也可以作为深度学习的临时炼丹炉）：进一步可以付费pro

②intel devcloud：装或不装jupyter都有

③kaggle等数据分析平台

3，服务器：

（1）intel devcloud：

参考https://wzfou.com/devcloud-apponfly/

https://srv.pub/archives/intel-devcloud.html（参考如何极致max化）

https://51.ruyo.net/17346.html

https://blog.csdn.net/hhhny/article/details/130309683

https://xtrojan.org/server/vps/intel-developer-cloud.html

https://makerpro.medium.com/%E5%85%88%E8%A9%A6%E5%86%8D%E4%B8%8A-intel-devcloud%E5%8A%A9%E4%BD%A0%E9%9B%B2%E7%AB%AF%E9%A9%97%E8%AD%89ai%E4%BD%88%E7%BD%B2-%E5%85%8D%E8%B2%BB-87ec29595177

没有ssh，只能web IDE；
但是没有sudo以及root；

恐怕也不能挂在后台nohup运行任务，1次只能10h，估计只能人一直待在前台监控任务运行，不能离开；

暂时1次周期内数据没有丢失；

所以建议你的任务是小任务，并且是下游的任务，最好是日结的任务，做好每一步的数据备份！

如何持久（按理来说，2023年做srtp时候的春季，4月左右，到现在的2024年的9月份，实际上就是已经做到了1年，1年，虽然说变更了账号，但是理论上来说，已经是5年的20%，或者可以说大论文1年也差不多了，对于硕士而言一般是研二左右开题，那基本上应该差不多够维持了；）

但理论上来说，应该是120也就是4个月左右的账号就会收回，所以5x12/4=15，也就是至少需要开15个账号（mail）。

也有说法是3个月就收回，所以5x12/3=20，需要开20个账号；

所以买贵点你的科学上网工具，

多注册几个微软以及google邮箱，

浏览器隐私模式等；

以及经常去注册mail里延长时间，

之后及时备份中间下游数据，即时的狡兔三窟。

可参考博客，如何注册多个google以及edge邮箱账号。

https://mp.weixin.qq.com/s/d-gGvS4rH3BTYDa3CBW-hw

https://mp.weixin.qq.com/s/Vq9GSKg6EDOP9FJQ0HIuhg

（2）google colab：命令行模式注意下语法，可以付费上pro

https://colab.research.google.com/

（3）free云服务器VPS等：

https://51.ruyo.net/tag/%E5%85%8D%E8%B4%B9%E4%BA%91%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E5%99%A8

参考：一搜一大把

https://mp.weixin.qq.com/s/MQ7C2KzhMja9u0heHCqE-g

https://mp.weixin.qq.com/s/XgoIldK0nge4N8yoZPP8mg

https://mp.weixin.qq.com/s/0dnrwZpg1nw29s4eCqpnEQ

（4）最稳妥的：就是租云服务器

租好之后设置好pc端的mobaxterm，以及移动端的termius；

或者是自己组建，看经费

（5）生信分析服务器一般的配置：

当然如果有钱的话也可以去一些公众号上去租云服务器：

参考https://cloud.tencent.com/developer/article/2229763

https://mp.weixin.qq.com/s/13gITQLdZUaV9ac1kV4nyQ

最低配置：
16核/32线程，128G内存，8T硬盘

具体配置查询命令可以参考另外一篇博客：

https://blog.csdn.net/weixin_62528784/article/details/142183872?spm=1001.2014.3001.5501