甲基化测序的方法比较

 通过高通量测序技术，在全基因组水平分析5‘甲基胞嘧啶及组蛋白修饰等事件，发现许多基因组学发现不了的东西，这就是甲基化测序

六种DNA甲基化测序方法

1全基因组重亚硫酸盐甲基化测序可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基的甲基化水平，是DNA甲基化研究的金标准，WGBS能为基因组DNA甲基化时空特异性修饰的研究提供重要技术支持，是各物种甲基化图谱研究的首选方法，该方法具有很广的适用范围，可以最大限度的获取完整的全基因组甲基化信息，且能够精准分析每一个C碱基的甲基化状态

2精准DNA甲基化和羟甲基化测序

之前被认为是金标准的重亚硫酸盐测序并不能区分DNA甲基化和羟甲基化，运用化学氧化法结合重亚硫酸盐转化的测序技术，可以精确的检测DNA甲基化，排除DNA羟甲基化的影响，还可以双文库结合同时单碱基分辨甲基化和羟甲基化，常规的重亚硫酸盐处理技术没办法区分甲基化和羟甲基化的区别，但在化学氧化法的帮助下，羟甲基化的碱基会一并被氧化为T，仅甲基化的碱基会依旧保持着C碱基的状态

3简易甲基化测序，利用限制性内切酶进行酶切，富集启动子，增强子，GCP岛，CTCF等重要的表观调控区域，并进行重亚硫酸盐测序，该技术可以大幅提高测序深度，是一种准确，高效，经济的甲基化研究方法，该技术在范围内可达到单碱基分辨率，拥有更高的测序深度，可以有更高的数据利用率

4单微量细胞全基因组甲基化测序，对于稀有样本的研究很大程度上受限于建库技术，基于线性扩增和单管建库的技术，可以充分降低文库偏好性，准确完成珍贵样本的全基因组甲基化研究，其单细胞或超低的建库DNA起始量可以最大程度完成微量样本的测序需求，同样的，这项技术也可以精确分析每一个C碱基的甲基化状态

5扩增子甲基化测序，对基因组上特定的DNA序列设计甲基化特异性扩增引物，如某些抗性基因，标记基因，对基因组进行处理之后用RCR进行扩增，产物通过二代高通量测序，更加精准的检测基因区域的甲基化状态，这项技术可以满足上百个基因或cpg位点的检测，精确度可以达到单碱基级别，覆盖率深度在三百X以上

6甲基化DNA免疫共沉淀测序，通过运用特异性抗体富集羟甲基化的DNA片段，然后结合高通量测序在全基因组水平上以较小的数据量，快速高效的寻找羟甲基化片段区域，这种方法可以在全基因组范围内都可以鉴定甲基化修饰区域，并且可以针对性富集甲基化修饰的片段，可以大大降低数据量，降低测序成本