目前检测DNA甲基化的方法众多,主要可以分为以下几类(如表1所示):
图片来源(凡时财等,中国科学: 生命科学,2015)
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其中,DNA甲基化芯片在过去由于价格便宜,成为之前主流的检测DNA甲基化方法,而甲基化芯片的处理流程和方法主要如下所示(表2):
图片来源(凡时财等,中国科学: 生命科学,2015)
随着测序技术的发展,二代测序技术已逐渐成为检测DNA甲基化的重要流行方法,最具代表性的就是亚硫酸氢钠测序。经过亚硫酸氢钠处理的DNA序列,甲基化的碱基C保持不变,而未甲基化的碱基C则转换为U,具体如下图所示:
亚硫酸氢钠处理DNA序列的效果示意图ÿ
DNA甲基化测序数据的分析流程及相关软件总结
最新推荐文章于 2024-07-17 10:04:08 发布
本文概述了DNA甲基化测序的不同方法,包括亚硫酸氢钠测序,介绍了甲基化芯片的处理流程。随着技术发展,二代测序已成为主流,其中亚硫酸氢钠测序后的数据处理流程和常用软件被讨论。文章特别提到了RnBeads 2.0,一个全面的分析工具,能处理甲基化芯片和测序数据,并提供详细的统计信息。
摘要由CSDN通过智能技术生成