《高通量测序技术》分享，生物信息学生信流程的性能验证，以肿瘤NGS基因检测为例。

已于 2024-04-15 19:52:45 修改
阅读量238 收藏
点赞数 1
分类专栏： 文章分享 文章标签： 论文阅读
于 2024-04-10 22:00:00 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_69558614/article/details/137604908
版权
本文介绍了NGS（Next-GenerationSequencing）在检测肿瘤基因突变的应用，通过与病原宏基因组高通量测序性能确认方案对比，强调理论学习与实践经验的重要性。作者分享目的在交流学习，非盈利性质，如有侵权请告知删除。
摘要由CSDN通过智能技术生成

                这是这本书，第四章第五节的内容，这一部分是以NGS检测肿瘤基因突变为例，描述了其原理和大概流程，这和以前我分享的病原宏基因组高通量测序性能确认方案可以互相补充，大家可以都看一下，但是想要真正的弄懂，还需要参与具体的项目。文章分享：协和文章《病原宏基因组高通量测序性能确认方案》-CSDN博客

分享只是交流学习，不为获利，如果有侵权，联系立马删除，谢谢。

还是要前进啊
关注
专栏目录
宏基因组检测过程_新版宏微RPDseq宏基因组检测报告试读，十大“亮点”全面剖析...
weixin_36391252的博客
01-11 3412
以专业微生物诊断产品为感染事业作贡献是赛哲人的矢志追求，十年来，赛哲与时俱进，深耕感染研究，匠心打磨产品，为临床客户提供性能卓越，质量可靠的感染诊断产品与服务，千方百计为患者，全心全意助医生。近日，宏微RPD-seq®宏基因组检测报告已在全国范围内完成全新升级，九大模块全面更新，临床价值更大，更易读懂。下面，就让我们为您进行新版报告“亮点”解读。亮点1贴近临床，简洁纯粹的设计语言封面采用...
宏基因组测序及分析
weixin_30851409的博客
08-01 2214
宏基因组测序： 浓度>=50ng/ul OD260/280：1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求？ （1）提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/ul；每次样品制备需要10μg样品，如果需要多次制备样品，则需要样品总量=制备样品次数*10 ug。 （2）DN...
文章分享：ctDNA高通量测序临床实践专家共识（2022年版）
weixin_69558614的博客
04-11 851
【摘要】 循环肿瘤DNA（circulating tumor DNA，ctDNA）高通量测序在肿瘤临床诊疗中发挥越来越重要的作用，但其临床检测标准和应用范围尚缺乏统一认识。中国抗癌协会肿瘤标志专业委员会组织相关专家，结合国内临床实践，参考国内外文献，从ctDNA生物学特征、检测影响因素，ctDNA高通量测序检测结果的临床应用价值和范围，以及ctDNA高通量测序检测体系的标准化建设等方面进行评述，提出专家意见，经专家组讨论并形成7条专家共识，为ctDNA高通量测序的临床应用和检测提供参考，以促
高通量测序领域常用名词解释
热门推荐
鹏鹏的博客
09-27 1万+
什么是高通量测序？高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所...
易基因：RNA免疫共沉淀测序 (RIP-seq) 技术介绍
E_gene的博客
06-03 2082
RIP-seq是将RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）与二代测序技术（NGS）相结合以研究细胞内RNA与蛋白互作的技术，RIP利用目标蛋白抗体把相应的RNA-蛋白复合物（RNA Binding Protein，RBP）沉淀下来，然后经过富集和纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。RIP-seq对富集得到的RNA片段通过高通量测序，在全转录组范围内对细胞内RNA与蛋白结合情况进行分析，揭示RNA分子与RBP互作（包括非编码RNA与蛋白互作）。
易基因：多组学测序分析揭示m5C甲基化上调E2F1表达以促进卵巢癌肿瘤进展｜Nature子刊
E_gene的博客
08-29 976
5-甲基胞嘧啶（m5C）是一种常见的RNA修饰，其在转录后水平调控基因表达，但m5C RNA修饰与生物分子凝聚以及转录因子介导的转录调控之间的交互作用，在卵巢癌中的了解还很有限。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。每3天检测一次形成的肿瘤体积（h）。
易基因｜ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用
E_gene的博客
07-19 3381
2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析（如增强子分析和全基因组染色质状态注释）可以系统分析表观基因组如何促进细胞身份(cell identity)、细胞发育、细胞谱系规...
生物信息学（高通量测序）名词
weixin_33785972的博客
02-20 1357
什么是高通量测序 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析...
kasp技术原理_Massarray技术——中高通量大样本的SNP检测利器！
weixin_39608394的博客
12-18 1296
SNP(全称Single NucleotidePolymorphisms)即单核苷酸多态性，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性，包括单个碱基的转换、颠换等。SNP作为第三代遗传标记，分布非常广泛，在遗传分析，疾病诊治，分子育种和种群生态评估等诸多领域有十分重要的意义。进行SNP检测的方法有很多，如直接测序法、taqman探针法、massarray法、芯片法、高分辨率熔解...
精品资料（2021-2022年收藏）下一代测序NGS法传染病病原微生物酸检测试剂.doc
10-11
NGS，即Next Generation Sequencing，是继Sanger测序之后的高通量测序技术，能快速、高效地获取大量基因序列信息。这种技术在传染病病原微生物检测中的应用，极大地提高了诊断效率和准确性，尤其在复杂病原体检测和...
多类别肿瘤分类的特征基因选择方法研究
03-11
高通量技术如基因芯片和二代测序（NGS）技术使得获得大量基因表达数据成为可能。但这些数据通常存在维度高、噪声多的特点，直接分析困难。因此，通过特征选择算法来筛选出最有代表性的基因就显得尤为重要。 2. **...
varscan2.0NGS经典变异检测文章
09-13
VarScan2是一个功能强大的生物信息学软件包，旨在帮助研究人员通过高通量测序技术（特别是外显子测序）来识别癌症样本中的体细胞变异。该工具不仅能够检测单核苷酸变异(Single Nucleotide Variants, SNVs)，还能识别...
论文笔记：Anytime Continual Learning for Open Vocabulary Classification
weixin_47505105的博客
10-01 176
在开放词汇表图像分类中，随着时间的推移，模型需要不断学习新的标签，同时保留对旧标签的记忆。
Frequency-aware Feature Fusion for Dense Image Prediction 论文阅读
weixin_51657614的博客
10-01 171
为了实现这一点，现代分层模型通常利用特征融合，直接添加来自深层的上采样粗特征和来自较低层次的高分辨率特征。在本文中，我们观察到融合特征值在对象内的快速变化，由于高频特征的干扰导致类别内不一致。此外，融合特征中模糊的边界缺乏准确的高频，导致边界位移。ALPF生成器预测空间变化的低通滤波器，以衰减对象内的高频组件，减少上采样期间的类内不一致。偏移量发生器通过重采样将不一致的特征替换为更一致的特征来细化大的不一致特征和细边界，而AHPF发生器增强了下采样过程中丢失的高频详细边界信息。
车辆重识别（2021NIPS在图像合成方面，扩散模型打败了gans网络）论文阅读2024/10/01
最新发布
vegetabler的博客
10-01 198
向分类器中输入xt，发现与真实类别匹配概率小，计算对xt的梯度，让xt以一定的包含梯度的步幅进行移动，使得匹配概率增加。其实这里有点像之前卷积神经网络中参数w更新的原理，w也是在梯度方向上移动，以此来使得loss值最小。但是这两种算法不是简单的对xt进行处理，①是对预测的均值μ进行处理，让均值μ在梯度方向上移动。另外，s可以叫做学习率，主要是控制在梯度方向上移动的步幅，和之前卷积神经网络中的w更新公式中的学习率差不多。2，那么具体来说，如何根据当前时刻xt的梯度，来调整xt？BigGAN残差块是什么意思？
9、论文阅读：无监督的感知驱动深水下图像增强
DQHNB的博客
09-27 845
当前的 UIE 算法主要通过最小化增强图像和地面真实图像之间的重建损失，在合成数据集或具有伪标签的数据集上训练深度神经网络（DNN）。但是，合成和真实的水下图像有差距，在合成图像上训练的网络在真实环境下不一定有好的表现。并且使用L1和L2损失函数，往往忽视人类感知的重要性，（L1和L2损失只关注像素级别的差异，没有考虑人类视觉系统的感知特性。人类的眼睛对边缘和纹理的变化敏感，但是对颜色变化相对不敏感。为此，可以使用感知损失或者风格迁移损失 ​），导致增强的图片不尽人意。因此，本论文提出了一个。
论文阅读《Co-clustering for Federated Recommender System》
wzj1212123的博客
09-26 1292
第二个创新点凑数用的，典中典利用服务器的聚类信息给客户端作对比学习，重点在于提出以往聚类的不足以及新型聚类方法。
论文阅读：LM-Cocktail: Resilient Tuning of Language Models via Model Merging
comli_cn的博客
09-27 335
预训练的语言模型不断进行微调，以更好地支持下游应用。然而，此操作可能会导致目标领域之外的通用任务的性能显著下降。为了克服这个问题，我们提出了LM Cocktail，它使微调后的模型在总体上保持弹性。我们的方法以模型合并（Model Merging）的形式进行，其中微调的语言模型通过加权平均与预训练的基础模型或其他领域的对等模型合并。尽管简单，LM Cocktail却出奇地有效：由此产生的模型在整个通用任务领域内拥有强大的性能，同时在其目标领域保持卓越的能力。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值