环状热力图R语言画法

环状热力图（Circular Heatmap）是一种以环状布局展示数据的可视化方法。它结合了热力图和极坐标系统，能够有效地显示数据的关系、模式和趋势。

环状热力图通常用于可视化二维数据矩阵，其中行和列代表不同的类别或变量，而单元格内的颜色则表示对应变量的数值大小。与传统的矩形热力图不同，环状热力图将矩形排列成一个环状，使得数据在环上的分布更加直观。

环状热力图的优势在于它可以同时展示多个变量之间的关系，并且可以通过调整环的顺序和角度来改变数据展示的方式。此外，通过在环状热力图中添加其他图层，如聚类树图或标签，可以进一步增强数据的解读和呈现效果。

创建环状热力图的步骤通常包括以下几个方面：

1. 准备数据：将需要展示的数据转换成适合环状热力图的格式，通常是一个二维矩阵。
2. 绘制环状布局：使用相应的绘图库创建一个环状布局，确定数据的摆放位置。
3. 绘制热力图：在环状布局上绘制热力图，通过颜色的不同来表示数据的大小或差异。
4. 添加其他图层：根据需要，可以在环状热力图中添加聚类树图、标签等其他元素，以增强可视化效果。
5. 设置样式和标签：调整环状热力图的样式、颜色、标签等细节，使其更具吸引力和清晰度。
6. 显示和解读：将环状热力图呈现给观众，并解读其中的数据模式、关系和趋势。

环状热力图在生物学、基因组学、社交网络分析等领域得到广泛应用。它能够有效地展示大量的数据，并帮助人们发现隐藏在数据中的规律和结构。

这段代码主要是使用了ggplot2包来绘制热图，并最终实现了环状热图的效果。下面是对代码思路的解释：

1. 首先，使用set.seed(8)设置了随机数种子，以确保结果的可重复性。

2. 接着，创建了一个 25x25 的随机矩阵 m，并使用 colnames 和 rownames 给这个矩阵添加行列名称。

3. 使用 melt 函数将矩阵 m 转换成长格式的数据框 df，其中包含三列："x"、"y" 和 "value"，分别代表横坐标、纵坐标和值。

4. 接下来，使用 ggplot 函数创建了一个基础的热图 p1，其中使用 geom_tile 函数绘制了矩形热图，并使用 scale_fill_gradient2 函数设置了颜色渐变。

5. 然后，通过 xlim 和 ylim 函数调整了图形的比例大小，并将调整后的图保存在 p2 中。

6. 最后，使用 coord_polar 函数将热图转换为环状热图，并将结果保存在 p3 中。

整体思路就是先创建数据，然后使用 ggplot2 包绘制热图，并通过一系列函数调整图形的样式和比例，最终实现了环状热图的效果。

library(reshape)
library(ggplot2)

# 创建数据
set.seed(8)
m <- matrix(round(rnorm(200), 2), 25, 25)
colnames(m) <- paste(1:25)
rownames(m) <- paste(1:25)
df <- melt(m)
colnames(df) <- c("x", "y", "value")


#ggplot2绘图
p1<-ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile(color = "skyblue") +
  #添加values值
  #geom_text(aes(label = value), color = "white", size = 4) +
  scale_fill_gradient2(low = "#075AFF",
                       mid = "#FFFFCC",
                       high = "#FF0000") +
  coord_fixed()

p1
#调整图形比例大小
p1 + xlim(-10,25) + ylim(-10,25) -> p2
p2

#环状热图
p2 + coord_polar(theta = "x", start = pi/4) -> p3
p3

代码美观改进

library(reshape2)
library(ggplot2)

# 创建数据
set.seed(8)
m <- matrix(round(rnorm(200), 2), 25, 25)
colnames(m) <- paste(1:25)
rownames(m) <- paste(1:25)
df <- melt(m)
colnames(df) <- c("x", "y", "value")

# 创建环状热图
p <- ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile(color = "skyblue") +
  scale_fill_gradient2(low = "#075AFF",
                       mid = "#FFFFCC",
                       high = "#FF0000") +
  coord_polar(start = pi / 4) +
  theme_void() +
  theme(plot.margin = margin(10, 10, 10, 10))

# 调整图形大小和比例
p + xlim(-10, 25) + ylim(-10, 25) +
  theme(axis.title = element_blank(),
        axis.text = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        panel.grid = element_blank()) +
  labs(title = "环状热图") +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) -> p

# 显示环状热图
print(p)

在这个优化的版本中，进行了以下改进：

1. 添加了 theme_void() 函数来移除默认的背景和网格线，使热图更加简洁。

2. 使用 theme(plot.margin = margin(10, 10, 10, 10)) 调整了图形的边距，使其在画布中居中显示。

3. 使用 theme(...) 函数来移除坐标轴、刻度线和网格线，以进一步简化图形。

4. 使用 labs(title = "环状热图") 添加了一个标题，可以根据需要自定义标题内容。

这些改进旨在提高环状热图的可读性，同时使图形更加美观。你可以将代码复制到R环境中运行，查看优化后的环状热图效果。