在运行以下命令时,Gromacs意外中断:
gmx mdrun -deffnm umbrella92 -pf pullf-umbrella92.xvg -px pullx-umbrella92.xvg
注意:我将默认的输入输出文件名都改为umbrella92
续跑需要用到以下两个文件:
umbrella92.tpr,这是一个运行参数的拓扑文件
umbrella92.cpt,这是一个检查点文件
使用-pf pullf-umbrella92.xvg -px pullx-umbrella92.xvg继续输出力和坐标文件。
使用以下命令,可以实现重新续跑:
gmx mdrun -deffnm umbrella92 -s umbrella92.tpr -cpi umbrella92.cpt -pf pullf-umbrella92.xvg -px pullx-umbrella92.xvg
如果只是单纯想要续跑,则使用以下命令:
gmx mdrun -deffnm umbrella92 -s umbrella92.tpr -cpi umbrella92.cpt