R语言怎么批量进行fisher检验？

最新推荐文章于 2024-02-23 22:04:46 发布

简说基因-专业生信合作伙伴

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文章标签：大数据 java 人工智能编程语言 python

本文链接：https://blog.csdn.net/weshengxin/article/details/125924190

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该博客介绍了如何使用R语言进行批量Fisher精确检验，以分析基因在肿瘤转移组与非转移组之间的突变频率差异。通过对基因数据表进行循环检验，得到了每个基因的p值、OR值及其置信区间，帮助理解不同基因的突变频率是否有显著差异。强调了计算机基础和生物学知识在生物信息学研究中的重要性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

接上文，朋友告诉我，并不是只求一个 p 值，而是要计算许多 p 值，即批量进行 fisher 检验。

我们先看看数据：

library(knitr)

df = read.table('fisher_test.tsv', header = TRUE)
kable(df)

Gene	mMut	mWt	nonMut	nonWt
TP53	14	24	13	20
IFITM3	7	31	4	29
MTRNR2L2	5	33	4	29
USP17L10	5	33	4	29
CDH1	8	30	6	27
CLCNKA	6	32	6	27
USP17L18	3

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