生物信息基础:pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个 Python 模块,它打包了高通量测序库htslib[2]的 C-API,可用于读写基因组相关文件,如 Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,VCF 等。本文以 Fasta/Fastq 文件的读写为例,介绍 Pysam 的用法,详细教程请查看官网。

Install

pip install pysam
或者
conda install pysam

Fasta files

对于 Fasta 文件,可以实现随机访问,前提是要先创建 faidx 索引。

import pysam

# 构建FastaFile对象,随机访问需要先创建faidx,没有的话在这里会自动创建faidx
fa = pysam.FastaFile("ex1.fa")

# Fasta文件中序列的数量,结果是一个整数
print("number of reference sequences: %d" % fa.nreferences)

# Fasta文件中序列的名称,结果是一个列表
print("names of reference sequences: " + ",".join(fa.references))

# Fasta文件中序列的长度,结果是一个列表
print("lengths of reference sequences: " + ",".join([str(i) for i i
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