本流程用于转录组二代测序数据的标准分析,可生成表达量矩阵和测序数据质控结果。
本次升级的亮点有:
1. 支持单端测序数据
2. 支持多Lane数据自动合并分析
流程步骤
本工具执行一套非常流行的转录组定量分析流程,即 Hisat2 + Stringtie 经典组合,其步骤为:
1. Fastp,进行质量控制,去除测序数据中不合格的序列,保留高质量序列用于后续分析;
2. Hisat2,将经过质控得到的 Clean data,比对到参考基因组上;
3. Samtools,将 SAM 文件转换成 BAM 文件;
4. Stringtie,结合 hisat2 得到的比对文件(BAM)和基因组注释文件(GTF),进行定量分析,得到每个样本的表达量文件(FPKM / TPM);
5. prepDE.py,将 FPTM / TPM 转化为 Counts 计数的表达量矩阵,用于后续差异基因等分析。
6. MultiQC,用于汇总质控以及比对统计信息。
样本信息表
• 如果不涉及样本数据合并,可以不提供样本信息表。
• 如果一个样本的数据有多个来源,如多Lane,那么需要提供一个样本信息表,用以标明哪些数据属于同一个样本。
样本信息表为 csv 文件,即英文逗号分隔列的文件。不支持中文,所有表格内容都必须在英文半角的状态下输入。表头如下:Sample, Data
• Sample (必需) 样本编号
• Data (必需) 测序数据列表中的元素标识符。即点开集合后看到的元素名称,可以通过工具:Extract element identifiers 从列表中提取出来。
示例一:双端测序,多Lane,样本信息表
Sample, Data
NIST7035, NIST7035_L001
NIST7035, NIST7035_L002
NIST7086, NIST7086_L001
NIST7086, NIST7086_L002
该表展示了每个样本的数据分别来自于 2 条 Lane,此时 Data 一列信息来自于一个配对数据列表(list:paired)。
配对数据列表制作方法:
• 历史面板:选中要分析的 FASTQ 文件后,在下拉菜单中点击:构建配对数据集列表
示例二:单端测序,多Lane,样本信息表
Sample, Data
NIST7035, NIST7035_L001
NIST7035, NIST7035_L002
NIST7086, NIST7086_L001
NIST7086, NIST7086_L002
该表展示了每个样本的数据分别来自于 2 条 Lane,此时 Data 一列信息来自于一个单端测序数据列表(list)。
普通列表制作方法:
• 历史面板:选中要分析的 FASTQ 文件后,在下拉菜单中点击:构建数据集列表
流程地址
进入网站:https://usegalaxy.cn
搜索栏,输入:RNAseq,找到 RNAseq with Hisat2 and Stringtie (Galaxy Version 0.1)
![null b5289d08b1e62a6c9f132e6bbcb32da4.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/b5289d08b1e62a6c9f132e6bbcb32da4.png)
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