ChIP-seq是一种结合位点分析法，用于研究体内蛋白质与DNA相互作用。通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与第二代测序技术相结合，在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。
实验过程
流程简介
1. fastp：原始数据质控，将 Raw data 转换成 Clean data。
2. bowtie2：将经过质控的 Clean data 比对到参考基因组上，得到比对文件（BAM格式）。
3. picard：去除 BAM 文件中的 PCR 重复。
4. macs2：检出 ChIP-seq 峰。
5. MultiQC：汇总 fastp，bowtie2 以及 macs2 的统计结果。
运行流程
进入网站
https://usegalaxy.cn
找到流程
参数设置
本流程支持 ChIP-seq 双端测序、有对照样本的数据分析，需要设置的参数如下图所示：
需要注意的是有效基因组大小，指的是基因组可比对（mappable）区域的大小。可以参照如下网站：
https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/feature/effectiveGenomeSize.html
该网站上计算好了常见基因组的有效大小，也可以利用其介绍的工具自行计算。
输出结果
fastp 输出：
• 质控结果 HTML （对照）
• 质控结果 HTML （实验）
bowtie2 输出：
• 比对统计（对照）
• 比对统计（实验）
picard 输出：
• 去重后的 BAM （对照）
• 去重后的 BAM （实验）
macs2 输出：
• 峰值文件（Narrow Peaks）
MultiQC 输出：
• 统计结果汇总 HTML（来源于 fastp，bowtie2，macs2）
注意事项
本流程采用 bowtie2 作为比对工具，目前 Galaxy 平台上构建了常见物种基因组的 bowtie2 索引文件，如果您需要的基因组索引不存在，欢迎联系我们添加。
一键分析10X单细胞数据（点击图片跳转）
一键分析Bulk转录组数据（点击图片跳转）
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