FastTree：构建系统进化树，比快更快

我们前面的文章介绍了，生物信息学的终极问题是研究生物进化。因为进化是生命永恒的主题，生命中太多问题都跟进化有关，诸如生、老、病、死，无不蕴含着进化的力量。

系统进化树作为直观展示进化进程的工具，在生命科学研究中有重要作用。而构建系统进化树的工具有很多，我们昨天介绍了1分钟构建完美的系统进化树 。

但是随着如今生物数据越来越多，解读难度不断上升。一些工具在面对比较大的数据时速度很慢。咱们今天要介绍的，是一款用于快速构建系统进化树的软件：FastTree。

正如其名称中的 Fast，快，就是它的最大特点。让我们一起来学习吧。

FastTree简介

FastTree是一款超快速的建树软件，它可以从核苷酸或蛋白质序列的排列中推断出近似最大似然的系统发育树。简单来说，进化树就是用来展示生物之间的进化关系和演化历史的树状图。FastTree最大的特点就是运行速度快，比传统的PhyML 3.0或RAxML 7快100-1000倍，支持几百万条序列的建树任务，非常适合处理大规模的序列数据集。

FastTree的功能特点

1. 高速计算

FastTree的最大特点是其运行速度极快，特别适合处理大型比对数据集。无论是核酸序列还是蛋白质序列，FastTree都能轻松应对。

2. 准确度高

尽管运行速度快，FastTree的准确度也令人满意。在处理几万条核酸序列时，FastTree的准确度是最高的。

3. 多样化的进化模型

FastTree支持多种进化模型，用户可以根据具体的研究需求选择合适的模型。对于核酸序列，FastTree支持JC和GTR模型，默认使用JC模型。对于蛋白质序列，支持JTT、LG和WAG模型，默认使用JTT模型此外，它还可以通过Gamma分布处理进化速率的变异性，进一步提高构建进化树的准确性。

4. 内存使用效率高

FastTree在设计上充分考虑了内存使用的效率，能够在资源有限的情况下依然保持高性能。

5. 标准的输出格式易用性

FastTree要求输入的多序列比对结果为FASTA或Phylip格式，生成的tree文件为Newick格式，可以导入figTree或TreeViewer等软件中进行分析和可视化。

总结

FastTree凭借其高速计算、多样化的进化模型、优化算法和多线程技术等优势，成为了生物信息学研究中构建进化树的首选工具之一。在Galaxy平台上（usegalaxy.cn）可以方便快捷地使用FastTree，无需繁琐的安装和配置。

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