FastTree的使用(待补充)

fasttree使用说明

1. FastTree软件安装
2. 适用于大数据集进化树构建的fasttree安装及使用
3. 手把手教你用 Fast Tree 快速构建序列进化树

一般来讲，如果模型合适，最大似然法的效果较好。对于近缘序列，最大简约法用的假设最少，各种方法结果相似。而对于远缘序列，一般使用最大似然法或邻接法。对相似度很低的序列，邻接法往往出现 Long-branch attraction（LBA，长枝吸引现象），严重干扰进化树的构建。对于各种方法构建分子进化树的准确性，Hall 认为贝叶斯的方法最好，其次是最大似然法，然后是最大简约法。其实如果序列的相似性较高，各种方法结果差别不大。
最大似然法和邻接法需要选择模型。对于蛋白质序列，一般选择 Poisson Correction（泊松修正）模型。而对于核酸序列，一般选择 Kimura 2-parameter（Kimura-2 参数）模型。

TreeView倒是能打开我用FastTree跑的进化树
5. FastTree快速入门（Windows版）有个奇怪的点，我将FastTree的二进制文件下载下来了，也进行了相关的编译，也将xxx/FastTree加入到我的~/.bashrc文件中并且source ~/.bashrc了，但是就是没有办法执行FastTree -h，只能xxx/FastTree -h