Antismash：一键识别基因簇，预测生物合成途径

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于 2025-02-25 19:42:11 发布

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在抗生素耐药性日益严峻的今天，微生物基因组中隐藏的天然产物合成基因簇（BGCs），就像一座座亟待开发的药物宝库。之前我们一起学习了GECCO这款基因簇识别工具（快4倍！新型生物合成基因簇预测工具全解析），今天咱们再来学习另一款基因簇识别的经典工具——Antismash（Antibiotics and Secondary Metabolite Analysis Shell）。这款由欧洲分子生物学实验室开发的开源工具，自2011年发布以来，已帮助科学家发现了上万种新型次级代谢产物，成为微生物基因组分析领域的标杆工具。对GECCO感兴趣的同学可以参考以下推文（点击蓝色字体跳转）：快4倍！新型生物合成基因簇预测工具全解析。

功能特点

Antismash的功能非常强大，以下是它的五大核心功能：

1. 基因簇智能识别

基于超过70种特征蛋白的HMM模型，可自动识别：

• 抗生素（青霉素、万古霉素）
• 抗癌药物（阿霉素）
• 毒素（黄曲霉毒素）
• 信号分子（铁载体）

2. 生物合成途径预测

通过ClusterBlast功能比对已知基因簇数据库（MIBiG），还能预测这些基因簇的生物合成途径。预测产物的化学结构类型：输出结果包含NRPS/PKS模块化组装信息，支持化学结构式导出。

3. 跨物种比较分析

利用MultiGeneBlast功能，可发现不同菌株间的同源基因簇变异：
这对追踪抗生素耐药基因的进化路径特别有用。

4. 可视化结果

整合CRISPR/Cas、调控元件等周边基因信息，构建代谢调控网络图谱。

5. 次级代谢网络分析

Antismash提供详细的HTML报告，包括基因簇的分布、结构和功能预测，方便研究人员快速了解分析结果。

与传统方法的对比优势

功能	AntiSMASH	PRISM	NaPDoS
基因簇类型识别	58类	22类	仅PKS/NRPS
化学结构预测	✔️（SMILES格式）	❌	❌
跨物种比较	✔️（MultiGeneBlast）	❌	❌
沉默基因簇激活建议	✔️	❌	❌
可视化界面	✔️（3D图谱）	✔️（2D线性图）	❌

总结

Antismash是一个功能强大的生物信息学工具，它不仅能帮助我们快速识别和分析微生物基因组中的次级代谢产物合成基因簇，还能预测这些基因簇的生物合成途径。如果你正在研究抗生素、抗肿瘤药物或其他生物活性化合物，Antismash绝对值得一试。而且，它在Galaxy平台上（usegalaxy.cn）的集成，让你的操作更加简单方便，直接上传基因组数据，通过图形化界面操作Antismash工具，无需安装任何软件也无需复杂的命令行操作。