Newcpgreport：CpG岛甲基化差异分析

在人类基因组中，约60%的基因启动子区域都蕴藏着特殊的DNA序列——CpG岛。CpG岛（富含CpG二核苷酸的区域）被称为基因调控的“开关”，它们常位于基因启动子区域，与DNA甲基化、基因沉默等表观遗传现象密切相关。要精准定位这些区域，生物信息学家们开发了多种工具，其中newcpgreport凭借其独特的算法设计和可靠的检测性能，成为该领域的明星工具。

功能特点

核心功能与原理

1. 滑动窗口检测法
newcpgreport采用经典的滑动窗口技术，以用户指定窗口大小（默认100bp）在DNA序列上逐碱基滑动。每个窗口内会计算三个关键指标：

• • GC含量（>50%）

• • CpG观测/预期比值（Obs/Exp）（>0.6）

• • 连续区域长度（≥200bp）

这三个指标共同构成CpG岛的"身份密码"，当连续10个窗口满足GC含量>50%、Obs/Exp>0.6，且总长度≥200bp时，判定为CpG岛。通过参数调整窗口大小（可扩展至500bp）、GC含量阈值（可提升至55%）等，可以灵活适应不同物种的研究需求。

2. 双重算法体系
工具提供两种检测策略