R语言【GIFT】——GIFT_coverage()：GIFT中各地理区域和类群的分类和性状覆盖度

Package GIFT version 1.3.2

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Description

检索每个分类群和地理区域组合中所有物种、本地物种、归化物种和特有物种的分类或性状覆盖度(给定性状)。此功能适用于属级以上的分类群。

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Usage

GIFT_coverage(
  what = "taxonomic_coverage",
  taxon_name = "Embryophyta",
  trait_ID = "1.1.1",
  GIFT_version = "latest",
  api = "https://gift.uni-goettingen.de/api/extended/"
)

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Arguments

参数【what】：指示是否检索taxonomic_coverage或trait_coverage的字符。

参数【taxon_name】：要检索其覆盖率的分类组的名称。有关选项，请参见GIFT_taxonomy()。该函数接受姓氏和更高的分类组。

参数【trait_ID】：您想要检索覆盖的特征的标识号。详细信息请参见GIFT_traits_meta()。

参数【GIFT_version】：定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版，则使用最新的版本，该版本仍然可以进行更改和编辑。

参数【api】：定义从哪个API检索数据的字符串。

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Details

输出有9列：

entity_ID：GIFT多边形的识别号

total：所有物种的分类或性状覆盖度

total_rst：考虑到有限资源的所有物种的分类或覆盖范围

native：本地物种的分类或性状覆盖度

native_rst：考虑资源限制的本地物种的分类或性状覆盖度

naturalized：归化物种的分类或性状覆盖度

naturalized_rst：考虑资源限制的归化物种的分类或性状覆盖度

endemic_min：特有种的分类或性状盖度

endemic_min_rst：考虑资源限制的特有物种的分类或性状覆盖度

在分类学覆盖度的情况下，“1”表示对分类学类群和地理区域的给定组合有物种组成数据，而“NA”表示没有数据。这取决于是否考虑GIFT中的受限数据(列末尾是否有_rst)。

在性状覆盖度的情况下，每个地理区域报告给定分类群中具有定义性状信息的物种比例。

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Value

每个GIFT多边形具有分类学或性状覆盖率的数据框架。

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Example

ex <- GIFT_coverage(what = "taxonomic_coverage", taxon_name = "Angiospermae")
ex2 <- GIFT_coverage(what = "trait_coverage", taxon_name = "Angiospermae",
trait_ID = "1.2.1")