SGE提交作业遇到“Unable to read script file because of error: invalid option argument -r $FASTA“报错

使用qsub -V -cwd -l p=8 test.sh 提交作业，遇到报错信息如下：

Unable to read script file because of error: invalid option argument -r $FASTA

奇怪的是直接运行sh test.sh是没有问题的。我把test.sh的代码里"-r $FASTA"都删了，依然报这个错，原来是注释里还有"-r $FASTA"，注释里的"-r $FASTA"也删干净后不报这个错了，但是换成了

Unable to read script file because of error: Numerical value invalid!

所以说肯定是文件格式的锅，而且跟注释内容有关。把注释都删干净以后终于不报错了，在网上搜了半天，发现原因是SGE会把#$abc当作命令而不是注释。。。

参考资料：https://stackoverflow.com/questions/38511294/trying-to-figure-out-bash-scripting-with-sun-grid-engine