QIIME 2教程. 30补充资源SupplementaryResources(2020.11)

最新推荐文章于 2021-04-16 07:00:00 发布

刘永鑫Adam

最新推荐文章于 2021-04-16 07:00:00 发布

阅读量734

点赞数 2

分类专栏：扩增子分析

本文链接：https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/106316632

版权

扩增子分析专栏收录该内容

36 篇文章 378 订阅

订阅专栏

文章目录

补充资源 Supplementary resources

补充资源 Supplementary resources

https://docs.qiime2.org/2020.11/supplementary-resources/

教学内容 Educational content

以下资源对于了解有关微生物组分析和生物信息学的更多信息很有用：

应用生物信息学导论

An Introduction to Applied Bioinformatics

http://readiab.org/

这是一套基于Python的生物信息、统计学交互学习教材，有详细的理解讲解，并可在线或本地实战。

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-r8nAZCm4-1612451951288)(http://210.75.224.110/github/QIIME2ChineseManual/fig/s1bioinfo.jpg)]

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-BzgeYOz2-1612451951290)(http://210.75.224.110/github/QIIME2ChineseManual/fig/s1bioinfoMenu.jpg)]

肠道检查：探索身体中的微生物群系

Gut Check: Exploring Your Microbiome

https://www.coursera.org/learn/microbiome

这是Rob Knight曾经在科罗拉多大学开设的微生物组入门课程，而且持续更新，目前已经有6万余人学习，绝对是入门必备。有视频讲解，有阅读材料，有测验和作业互评。视频、文本还可以下载。4年前学过，虽然现在已经记得的不多，但当时收获还是非常之大。

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-0bfIG9Wx-1612451951291)(http://210.75.224.110/github/QIIME2ChineseManual/fig/s2course.jpg)]

微生物生态学统计分析指南

Guide to Statistical Analysis in Microbial Ecology

http://mb3is.megx.net/gustame

非常好生物统计学教程。对于PCoA、PCA、各种排序和统计有详细的解读。

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-VzCNPydF-1612451951293)(http://210.75.224.110/github/QIIME2ChineseManual/fig/s3stat.jpg)]

总结：以上3门课的系统学习，为将来在本领域的发展的基础课程。得一可入门，得二可有远见，全学会必成本领域大才。

译者简介

刘永鑫，博士，中科院青促会会员，QIIME 2项目参与人。2008年毕业于东北农业大学微生物学专业，2014年于中国科学院大学获生物信息学博士，2016年遗传学博士后出站留所工作，任工程师。目前主要研究方向为宏基因组数据分析。目前在***Science、Nature Biotechnology、Protein & Cell、Current Opinion in Microbiology***等杂志发表论文30余篇，被引2千余次。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享宏基因组、扩增子原创文章2400余篇，代表作有《扩增子图表解读、分析流程和统计绘图三部曲(21篇)》、《微生物组实验手册》、《微生物组数据分析》等，关注人数11万+，累计阅读2100万+。

Reference

https://docs.qiime2.org/2020.11

Evan Bolyen*, Jai Ram Rideout*, Matthew R. Dillon*, Nicholas A. Bokulich*, Christian C. Abnet, Gabriel A. Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J. Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E. Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J. Brislawn, C. Titus Brown, Benjamin J. Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily K. Cope, Ricardo Da Silva, Christian Diener, Pieter C. Dorrestein, Gavin M. Douglas, Daniel M. Durall, Claire Duvallet, Christian F. Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M. Gauglitz, Sean M. Gibbons, Deanna L. Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin A. Huttley, Stefan Janssen, Alan K. Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin D. Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R. Keefe, Paul Keim, Scott T. Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan G. I. Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D. Martin, Daniel McDonald, Lauren J. McIver, Alexey V. Melnik, Jessica L. Metcalf, Sydney C. Morgan, Jamie T. Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A. Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B. Orchanian, Talima Pearson, Samuel L. Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S. Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R. Spear, Austin D. Swafford, Luke R. Thompson, Pedro J. Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J. Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin J. J. van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C. Weber, Charles H. D. Williamson, Amy D. Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R. Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight & J. Gregory Caporaso#. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nature Biotechnology. 2019, 37(8): 852-857. doi:10.1038/s41587-019-0209-9

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。