赖江山：生态学研究都在用哪些R包?

编写代码处理数据已经成为绝大部分生态学工作者的日常工作。近年来，R软件以其资源丰富、开源、免费、灵活、易于掌握等特点，受到生态学家们的青睐。

为了解R在生态研究中的使用情况，我们分析了近10年来（2008-2017）30种生态学期刊(IF>3)中的60902篇研究论文（不包括综述），记录了每篇论文是否使用了R，使用了哪些R程序包等，并进行了深入研究。

结果表明，用R进行数据分析的研究论文从2008年的11.4%线性增加到2017年的58%（图1、2），并在2016年超过50%。足以证明R已成为生态研究中最主要的数据分析工具。

如果取近10年的平均值，英国生态学会主办的Methods in Ecology and Evolution使用R的比例最高，达到53%，其他几个宏生态学相关刊物，如Global Ecology and Biogeography (51.6%)、Ecography (50.9%)、Diversity and Distributions (46.3%)等使用R的比例也很高（图3）。

图1. 30种生态学SCI刊物（IF>3）2008-2017年所发表研究论文使用R软件的比例（基于60902篇文献研究结果）

图2. 30种生态学SCI刊物（IF>3）2008-2017年所发表研究论文使用R的变化趋势

图3. 30种生态学刊物（IF>3）2008-2017年所发表研究论文使用R的比例

在这6万多篇研究论文中，研究人员总共用到了2400个R程序包，其中31个引用超过100次（图4）。使用频次最多的10个包是：lme4, vegan, nlme, ape, MuMIn, MASS, mgcv, ade4, multcomp和car。NMDS排序的结果表明，杂志的研究领域越接近，所使用的程序包也就越一致（图5）。

图4. 30种生态学SCI刊物（IF>3）从2008-2017年所发表研究论文使用R程序包频次排位

图5. 30种生态学刊物基于R程序包相异性的NMDS排序图（Bray-Curtis距离）

R受生态学者青睐的原因很多，主要包括：资源丰富、免费开源和容易获得相关分析代码等。R在生态学者中的普及对于推动生态学研究成为开放科学（open science）起到了积极作用。

这项研究的论文“Evaluating the popularity of R in ecology”已经在美国生态学会的Ecosphere杂志在线刊出。点击左下角“查看原文”即可下载该论文的PDF。

参考：

Jiangshan Lai, Christopher J. Lortie, Robert A. Muenchen, Jian Yang, Keping Ma (2019) Evaluating the popularity of R in ecology, Ecosphere, https://doi.org/10.1002/ecs2.2567

编辑：张金龙

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