MicrobiomeStatPlot | 雷达图教程Ladar plot tutorial

雷达图简介

雷达图又称为蜘蛛图，非常适合展示对象在多个维度的属性值或得分，又或是用于展示不同样本、细胞亚群中目标基因的表达水平、微生物在不同环境中的丰度变化等等。

标签：#微生物组数据分析  #MicrobiomeStatPlot  #雷达图  #R语言可视化 #Ladar plot

作者：First draft(初稿)：Defeng Bai(白德凤)；Proofreading(校对)：Ma Chuang(马闯) and Jiani Xun(荀佳妮)；Text tutorial(文字教程)：Defeng Bai(白德凤)

源代码及测试数据链接：

https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot/项目中目录 3.Visualization_and_interpretation/LadarChart

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雷达图案例1

这是中国农业大学Yantai Gan课题组2024年发表于Nature Communications上的一篇文章，题目为：Diversifying crop rotation increases food production, reduces net greenhouse gas emissions and improves soil health. https://doi.org/10.1038/s41467-023-44464-9

图 6 |  多目标分析雷达图。

用于评估旋转的各种功能。

结果

使用综合评价指数概念（CEI）来评估不同作物轮作在产量、营养价值、土壤相关指标（健康、碳封存、微生物生物多样性）、温室气体净排放和经济效益方面的协同作用和权衡（方法中的等式11–20）（图6a，d）。

雷达图R语言实战

源代码及测试数据链接：

https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot/

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软件包安装

# 基于CRAN安装R包，检测没有则安装
p_list = c("ggplot2", "ggthemes")
for(p in p_list){if (!requireNamespace(p)){install.packages(p)}
    library(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)}


# 基于github安装
library(devtools)
if(!requireNamespace("ggradar", quietly = TRUE))
  install_github("ricardo-bion/ggradar")
#> 
#> ── R CMD build