MicrobiomeStatPlot | 频率分布直方图教程Frequency distribution histogram

频率分布直方图简介

什么是频率分布直方图？

频率分布直方图（histogram）是一种图表，用于显示数据集中各个数值范围内数据出现的频率。它将连续的数据分割为若干个区间（称为bins或箱子），并根据每个区间中的数据点数量绘制矩形柱。柱子的高度表示数据在该区间内出现的频率或次数。频率分布直方图可用于查看数据的分布情况，同时帮助快速了解数据的集中趋势、离散程度等特征。

标签：#微生物组数据分析  #MicrobiomeStatPlot  #频率分布直方图 #R语言可视化 #Frequency distribution histogram

作者：First draft(初稿)：Defeng Bai(白德凤)；Proofreading(校对)：Ma Chuang(马闯) and Jiani Xun(荀佳妮)；Text tutorial(文字教程)：Defeng Bai(白德凤)

源代码及测试数据链接：

https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot/项目中目录 3.Visualization_and_interpretation/FrequencyDistributionHistogram

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频率分布直方图应用案例

这个案例是来自于斯坦福大学Alice Y. Ting团队2021年发表于Nature Communications上的一篇论文。论文题目为：Spatiotemporally-resolved mapping of RNA binding proteins via functional proximity labeling reveals a mitochondrial mRNA anchor promoting stress recovery. https://doi.org/10.1038/s41467-021-25259-2

图 4b|  样本直方图显示了如何应用 130 C/126 C TMT 比率的截止值。

通过“成对 ROC 方法”（图 4a、b 和补充图 7b）和“统计方法”过滤质谱数据。

频率分布直方图R语言实战

源代码及测试数据链接：

https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot/

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软件包安装

# 基于CRAN安装R包，检测没有则安装 Installing R packages based on CRAN and installing them if they are not detected
p_list = c("ggplot2", "latex2exp", "readxl", "patchwork", "dplyr", "ggdag",
           "dagitty","broom","ggsci","brms" )
for(p in p_list){if (!requireNamespace(p)){install.packages(p)}
    library(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)}


# 加载R包 Loading R packages
suppressWarnings(suppressMessages(library(ggplot2)))
suppressWarnings(suppressMessages(library(latex2exp)))
suppressWarnings(suppressMessages(library(readxl)))
suppressWarnings(suppressMessages(library(patchwork)))
suppressWarnings(suppressMessages(library(dplyr)))
suppressWarnings(suppressMessages(library(ggdag)))
suppressWarnings(suppressMessages(library(dagitty)))
suppressWarnings(suppressMessages(library(broom)))
suppressWarnings(suppressMessages(library(ggsci)))
suppressWarnings(suppressMessages(library(brms)))

实战1

参考：

https://mp.weixin.qq.com/s/ypxoFaiZBIaBphcNPS5B_A https://mp.weixin.qq.com/s/nYozxXYdpBXOC4Xh1RWH1A

# 读取数据