Cell Host & Microbe | 单个叶际微生物群落调控遗传调控网络以促进叶片生长-CSDN博客

在自然生态系统中，微生物具有在植物叶片上稳定定殖的能力，能够克服叶片所代表的环境条件波动。然而，叶面微生物群落如何影响单叶的生长仍不完全清楚。

2025年2月，Cell Host & Microbe 发表了题为 Individual leaf microbiota tunes a genetic regulatory network to promote leaf growth 的研究论文。研究探讨了在三种不同营养和水分含量的土壤中生长的玉米（Zea mays）叶片的生长，并发现叶面微生物群落驱动的促进叶片生长的效应，这一发现也得到了田间研究的验证。我们建立并使用了一个细菌菌株库进行重新定殖实验，以研究微生物群落介导的叶片生长促进机制。我们的研究表明，广泛存在于年轻叶片中的细菌能够促进单叶的生长。通过转录组分析，我们揭示了一个与防御相关的遗传网络，该网络将叶面微生物群落的有益效应整合到叶片发育程序中。我们还证明，单个叶片的微生物群落通过不同程度地抑制该遗传网络，调节叶片生长与防御之间的权衡，并在单叶分辨率下发挥作用。

叶片生长程序整合了外源信号

图1 玉米叶片的生长可能受到非生物和生物因素的影响。（A）本研究中使用的三种土壤的位置。（B）在三种土壤中生长的玉米野生型B73植物的代表性图片。（C）玉米叶片的总长度。（D）单个叶片（L）的长度。（E）在三种土壤中生长的植物的根部干重。

叶片的矿物营养含量无法完全解释其生长

图2 叶片矿物营养特征的变化可能不足以预测叶片生长。（A）主成分分析（PCA）显示在三种土壤中生长的玉米植物单个叶片（L）的离子学投影。左侧的条形图表示由不同实验变量解释的方差百分比。（B）通过Mantel相关分析得到的玉米植物在三种土壤中生长的单个叶片（L）矿物营养特征之间的相关系数（r）值。

叶面微生物群落可能会影响叶片生长

图3 小群体的丰富细菌可能会影响玉米叶片的生长。（A）典型坐标分析（CAP）显示每个单独叶片（L）的细菌组成特征投影。每个图中的置换多元方差分析（PERMANOVA）R²值和p值已标出。（B）在不同土壤中生长的玉米植物叶片之间共享的高度丰富细菌属的数量。（C）在三种自然土壤中生长的植物中，单个叶片的矿物营养特征（离子组学）与微生物群落组成之间的相关分析。

单个叶片的细菌群落影响叶片生长

图4 叶片标记影响叶片生长和微生物群落结构。（A）在沙粘土基质系统中，补充完整Hoagland（高浓度）或1/4 Hoagland（低浓度）并接种或未接种（无细菌[NB]）完整SynCom（+SynCom）的玉米野生型B73植物的单个叶片（L）长度。（B）CAP分析显示玉米植物单个叶片（L）的细菌组成特征投影。（C）在沙粘土基质系统中，补充低营养（1/4 Hoagland）并接种或未接种（无细菌[NB]）完整SynCom（+SynCom）或四种缺失SynCom的野生型植物单个叶片（L）长度。显著性通过Kruskal-Wallis检验以及Dunn后续检验确定。（D）CAP分析显示玉米植物单个叶片（L）的细菌组成特征投影。每个图中的PERMANOVA R²值和p值已标出。

微生物群落抑制防御相关网络以调节叶片生长

图5 叶面微生物群落抑制防御富集基因簇以调节叶片生长。（A）对识别的203个基因进行层次聚类分析。与无菌植物（无细菌[NB]）和接种了三种缺失SynCom的植物相比，这些基因在叶片3中对完整细菌SynCom（+SynCom）的反应更为抑制。（B）每个簇中防御相关基因的比例。虚线表示在整个玉米基因组中找到的防御相关基因的比例。浅灰色条形图表示显著富集（p < 0.05；超几何检验）。（C）热图显示在（A）分析中识别的68个防御相关基因的标准化表达。（D）在接种或未接种（无细菌[NB]）完整SynCom（+SynCom）的野生型植物的叶片3、叶片4和叶片5中，防御相关基因的标准化表达。黑线表示统计显著性（p < 0.05）。（E）使用qPCR定量Fusarium graminearum的生长。在接种（SynCom）或未接种（无细菌[NB]）SynCom的植物叶片中进行定量。每种情况我们使用了四株独立植物。

微生物群落介导的转录抑制系统控制生长-防御权衡机制

图6 一个由微生物群落和年龄驱动的机制通过差异化激活生长-防御权衡来平衡单个叶片的生长。（A）在低营养条件下，接种（+SynCom）完整SynCom的玉米野生型B73和W22植物以及zm00001eb022810、zm00001eb290350、zm00001eb149250基因的mu突变体的总叶片长度。显著性通过Kruskal-Wallis检验以及Dunn后续检验确定。（B）在接种或未接种完整SynCom的单个叶片（L）中，六个调控基因的抑制水平变化倍数。本图中的黑点代表所有基因分析的变化倍数的平均值。（C）在接种（SynCom）或未接种（无细菌[NB]）SynCom的玉米野生型植物和mu突变体的叶片3中使用定量实时PCR定量Fusarium graminearum的生长。每种情况使用至少四株独立植物。（D）CAP分析显示接种完整SynCom的玉米突变体和野生型W22植物的叶面微生物群落组成投影。图中显示了置换多元方差分析（PERMANOVA）R²值和p值。（E）示意图解释微生物群落驱动的防御相关基因组的抑制，这些基因调节单个叶片中生长和防御之间的权衡。