刘永鑫的博客——宏基因组公众号

转载 大会嘉宾更新！第二届山东省生物信息学学术大会暨中国生物信息学学会（筹）生物信息学算法研究专委会学术大会会议通知...

第二届山东省生物信息学学术大会暨中国生物信息学学会（筹）生物信息学算法研究专委会学术大会2024•青岛探索前沿·聚焦未来 汇聚科研精英，共谋生物信息科技创新之路；跨越学科边界，携手共建生物信息学新时代。精彩纷呈的学术报告、产教融合、揭榜挂帅，让生物信息学的产学研火花在齐鲁大地绽放，共同描绘生物信息科学的精彩画卷！我们诚挚邀请您的参加！会议信息会议时间2024年5月23日—25日会议地点青岛金...

转载 iMeta | 2024年3月全文下载量3.6万再创历史新高！

点击蓝字 关注我们iMeta 全文单月下载量3.6万 创历史新高！文章投稿及发表情况Submissions and Articles Published Trend●文章投稿量根据wiley网站统计，截止2024年3月底，iMeta文章投稿量764篇，其中2024年3月投稿量80篇。●文章接受率根据wiley网站统计，iMeta 近3年文章接收率分别为70%、21%和9%，文章接受率不断下降。...

转载 中国药科大学生命科学院朱宝利组招聘2024级微生物与生化药学博士生

【2024级博士招生】中国药科大学生命科学院朱宝利课题组招收2024级微生物与生化药学博士生（第二批报名5月即将开启）导师介绍姓名：朱宝利职务（职称）：研究员研究组研究方向本课题组以重要病原微生物、人体肠道微生物菌群等为研究对象，利用基因组学、元基因组学及生物信息学等研究手段，开展细菌耐药性的进化与传播、人体肠道微生物菌群与人体健康之间的关系等研究。研究组研究内容及意义1. 比较基因组分析多粘菌...

原创 QIIME 2教程. 24为QIIME 2开发新插件DevelopingPlugin(2024.2)

为QIIME 2开发新插件Developing a QIIME 2 pluginhttps://docs.qiime2.org/2024.2/plugins/developing/注意：本文档还处于正在完善中，仅并作为创建QIIME 2插件的基本说明。您也可以在https://dev.qiime2.org 上找到一些非常初步的开发人员文档。创建QIIME 2插件可让您向QIIME 2用户提供微生物...

转载 iMetaOmics Wiley出版社主页正式上线！定位IF>10，欢迎投稿

出版社iMetaOmics主页正式上线！出版社iMetaOmics主页：https://onlinelibrary.wiley.com/journal/29969514iMetaOmics相关资讯1iMeta姊妹刊iMetaOmics主编正式官宣(2024.4.22)2iMeta姊妹刊iMetaOmics投稿系统正式上线（2024.4.17）https://wiley.atyponrex.com/...

转载 iMeta | 清华李炳组-联用宏病毒组和宏基因组解译污水厂病毒圈

点击蓝字 关注我们联用病毒颗粒富集和传统非富集宏基因组学方法全景解析污水处理厂病毒圈iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.188●2024年3月29日，清华大学深圳国际研究生院李炳团队在iMeta在线发表了题为 “A panoramic view of the virosphere ...

原创 QIIME 2教程. 23可用和开发中插件AvailableFuturePlugins(2024.2)

可用插件Available pluginshttps://docs.qiime2.org/2024.2/plugins/available/用户可以通过插件使用QIIME 2微生物组分析功能。QIIME 2的当前最新版(2024.2)包含以下官方插件：alignment对齐：用于生成和处理序列对齐方法mafft：使用MAFFT从头进行多序列比对mafft-add:使用MAFFT将序列添加到多个序列...

原创 QIIME 2教程. 21命令行界面q2cli(2024.2)

命令行界面q2cliQIIME 2 command-line interface (q2cli)https://docs.qiime2.org/2024.2/interfaces/q2cli/https://www.bilibili.com/video/BV1CE421L7XF/注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章，至少完成本系列《1简介和安装》。本指南介绍了q2cli，它是QIIME 2 C...

原创 QIIME 2教程. 22Python命令行模式Artifact API(2024.2)

Python命令行模式Artifact APIArtifact API (using QIIME 2 with Python)https://docs.qiime2.org/2024.2/interfaces/artifact-api/https://www.bilibili.com/video/BV1x1421R773/注：本指南假定您已执行“04人体微生物组分析Moving Pictures”...

转载 Trends Microbiol | 华南农业大学发表小肽调控植物-根际微生物互作综述

小肽：调节植物-根际微生物相互作用的新靶点Small peptides: novel targets for modulating plant–rhizosphere microbe interactionsReview，2024-04-25，Trends in Microbiology，[IF15.9]第一作者：WeiyiTan（谭唯一）通讯作者：TengxiangLian（连腾祥，liantx...

转载 iMeta | 农科院资划所刘卫星组揭示氮富集条件下土壤细菌性状介导网络复杂性的机制...

点击蓝字 关注我们长期氮输入通过改变生活史策略降低温带草原土壤细菌网络复杂性iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.194●2024年4月15日，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所刘卫星团队在iMeta在线发表了题为 “Long-term nitrogen input reduce...

转载 “2024热心肠×iMeta奖学金”入围名单揭晓！

原创 QIIME 2教程. 20进化树推断q2-phylogeny(2024.2）

使用q2-phylogeny进行系统发育推断Phylogenetic inference with q2-phylogenyhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/phylogeny/https://www.bilibili.com/video/BV1Vm421s7dr/开始本节分析前，我们假定你已经完成了前面内容的学习。在QIIME 2中可用的几个下游多...

原创 QIIME 2教程. 18使用q2-vsearch聚类ASVs为OTUs(2024.2)

使用q2-vsearch聚类序列为OTUshttps://www.bilibili.com/video/BV1sE421L7yi/Clustering sequences into OTUs using q2-vsearch目前QIIME2支持三个聚类方式：无参(De novo), 有参(closed-reference), 和半有参(open-reference clustering)，即先有参...

转载 【科学解码】肠道菌群与肿瘤不得不说的二三事

肠道菌群——在人体的肠道内，生活着大量微小的生命，甚至比我们自身的细胞数量还多得多，其中99%以上都是对我们的健康非常有利的益生菌，当然也有一些不太安分的条件致病菌。这些小生命能影响体重和消化能力、抵御感染和自体免疫疾病的患病风险，还能控制人体对癌症治疗药物的反应，因此对其深入研究意义重大！图片来源于网络、侵删1、以微小处显端倪--促癌发生随着恶性肿瘤发病率的提高，肠道菌群与肿瘤的关系也逐渐成为研...

原创 QIIME 2教程. 19实用程序Utilities(2024.2)

QIIME 2中的实用程序Utilities in QIIME 2https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/utilities/https://www.bilibili.com/video/BV1Sm421s7xh/以下是QIIME 2中提供的许多非基于插件的实用程序。以下文档试图演示其中的许多功能。本文档按接口interface划分，并尝试交叉引用其他接口...

转载 招聘 | 博士后岗位：植物微生物组(北卡罗来纳大学Jeff Dangl 团队)

博士后岗位：植物微生物组 (北卡罗来纳大学Jeff Dangl 团队)博士后岗位：植物微生物组你是否对微生物群落的组装和功能着迷?共生微生物如何控制宿主先天免疫系统的机制是否让你夜不能寐?你是否渴望与一群多元化的、国际化的专业科学家合作，在作物中部署植物相关微生物组的项目上开展工作？从现在到2024年底，课题组植物微生物组研究团队拟招募两名新的博士后。成功的申请者将在以下提到的相关领域之一学到专业...

原创 QIIME 2教程. 17序列双端合并read-joining(2024.2)

序列双端合并的另一种方法read-joiningAlternative methods of read-joining in QIIME 2https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/read-joining/https://www.bilibili.com/video/BV14m421s7Mt/注：本教程将演示如何为特定数据集训练q2-feature-cla...

转载 iMetaOmics主编正式官宣

iMeta姊妹刊iMetaOmics主编正式官宣iMetaOmics主编赵方庆中国科学院北京生命科学研究院研究员赵方庆，中国科学院北京生命科学研究院研究员，博士生导师，国家杰出青年基金获得者、中国科学院特聘研究员。主要致力于建立高效的算法模型和实验技术，探索人体微生物与非编码RNA的结构组成与变化规律，以期解析它们与健康和疾病的关系。近年来，在Cell、Gut、Nature Biotechnol...

转载 Cell Reports | 浙大蒋超组合作揭示多种族生殖道微生物组的进化动态

多种族生殖道微生物组进化动态及长期生态位特异性过程驱动下乳酸杆菌黏附因子的正向选择Vaginal microbiomes show ethnic evolutionary dynamics and positive selection of Lactobacillus adhesins driven by a long-term niche-specific processArticle，2024...

原创 QIIME 2教程. 16鉴定和过滤嵌合体q2-vsearch(2024.2)

鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearchIdentifying and filtering chimeric feature sequences with q2-vsearchhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/chimera/https://www.bilibili.com/video/BV1Fb421Y7WN注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章...

转载 大家都在用的一款高颜值免费在线SCI绘图工具~~~

ImageGP从2017年推出后，稳定运行7年，因其使用简单方便，深受广大朋友们喜欢。独立IP访问60万次，日均使用1000次。如果您对编程不熟悉，使用ImageGP可以快速出图。只需轻轻点2两下，下面的美图就出来了如果您对编程很熟悉，有时临时画个图，还是ImageGP方便。有时想一下，R代码写的最多的还是read.table。最近一年一直在对ImageGP进行升级。网站架构重新设计，可以快速部署...

转载 GPB | MARS和RNAcmap3：RNA序列的集大成数据库及其在MSA搜索中的运用

Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB）发表了由深圳湾实验室系统与物理生物学研究所周耀旗课题组完成的题为“MARS and RNAcmap3: The Master Database of All Possible RNA Sequences Integrated with RNAcmap for RNA Homology Search”的论文...

转载 iMeta期刊 第3卷第2期 在线正式发布

点击蓝字 关注我们iMeta期刊第3卷第2期 正式发布iMeta第3卷第2期封面：非土著益生菌在鱼类上的应用风险。封面故事依据《庄子》中的寓言故事“鲁侯养鸟”。内陆的鲁国突然飞来一只海鸟，鲁侯视之如珍宝，拿出自己最好的东西迎接它。比如，命人演奏音乐给它听，准备美酒给它喝，拿出牛肉给它吃。但是海鸟面对鲁侯精心准备的这些，头晕目眩，十分忧愁悲伤，三天就死掉了。“此以己养养鸟也，非以鸟养养鸟也”...

转载 CGM微生物组专题：植物功能微生物组及合成菌群设计

CGM将于北京时间4月22日星期一7:00 PM举办在线沙龙活动。本期活动，我们联合植物微生物组公众号和iMeta期刊设置“微生物组”专题，并就主题“植物功能微生物组与合成菌群设计”（更多主题见文末）邀请到西北农林科技大学岳红博士带来“小麦基因型特异招募的耐旱功能微生物”、中国科学院分子植物科学卓越创新中心王明星博士带来“定量微生物组的农业应用”、瓦赫宁根大学荆佳伊博士生带来“定制功能性微生物合成...

转载 mLife | 细菌间耐药基因传播的“快速列车”——插入序列IS26

中国科学院微生物研究所冯婕研究员团队的文章“Understanding the rapid spread of antimicrobial resistance genes mediated by IS26”已在mLife网站正式上线。该研究团队对公共数据库中细菌完整基因组携带的IS26及其形成的可移动单元为对象进行研究，发现IS26在细菌物种中广泛分布，IS26形成的可移动单元可介导多种耐药基因...

转载 Science丨程功/朱毅斌/王静林-共生菌环境干预可阻断蚊媒病毒传播流行

蚊媒病毒传染病的传播流行是人类健康和生命的严重威胁之一。以登革热和寨卡热这两种最具代表性的蚊媒病毒传染病为例，登革热在全球100多个国家感染流行，每年引发多达3.9亿人感染、50-100万人入院治疗；寨卡热于2015年至2017年在太平洋岛屿和南美洲突然暴发大规模疫情，不到一年时间内出现了超过22.3万例寨卡确诊病例，数千例新生儿小头畸形病例，国际卫生组织将寨卡疫情宣布为国际关注的公共卫生紧急事件...

转载 浙江省农业科学院李有贵博士团队-招聘优秀博士毕业生

浙江省农业科学院李有贵博士团队招聘优秀博士毕业生1、目的：招贤纳士本学科团队因研究需要，迫切希望引进优秀的博士毕业生1名。2、要求具有生物医学或转化医学（药理学）、或动物生理学、或肠道微生物与疾病等研究背景；具有优秀的英、中文写作能力，具备独立开展科研项目的能力。3、待遇（1）优秀博士毕业生，直接入职浙江省农业科学院，为科研骨干，根据业绩聘为研究员或副研究员。本团队给予配备助手1名（博士）、药学专...

转载 Nature综述丨超加工食品和食品添加剂对肠道健康和疾病的影响

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟椰子，编辑：微科盟居居、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读超加工食品(UPFs)和食品添加剂已成为现代人类饮食中无处不在的组成部分。越来越多的证据表明，富含UPFs的饮食与肠道疾病(包括炎症性肠病、结直肠癌和肠易激综合征)之间存在关联。许多U...

转载 中山大学深圳校区袁超磊课题组博士后招聘

博士后招聘中山大学农业与生物技术学院（深圳校区）袁超磊课题组因工作需要，现面向海内外公开招聘博士后1-2名。袁超磊博士为中山大学“百人计划”引进人才，副教授（https://sa.sysu.edu.cn/teacher/744），研究领域为环境土壤学和环境微生物学，研究水平受国内外同行认可，已主持国家自然科学基金面上项目等国家和省部级项目5项，现任土壤学顶级期刊Geoderma副主编。课题组与国内...

转载 iMeta姊妹刊iMetaOmics投稿系统正式上线（2024.4.17）

iMeta姊妹刊iMetaOmics投稿系统正式上线（2024.4.17）iMetaOmics投稿系统2024年4月17日iMeta姊妹刊iMetaOmics投稿系统正式上线，欢迎投稿！投稿地址：https://wiley.atyponrex.com/journal/IMO2登录页面iMetaOmics LOGOiMetaOmics 1卷1期封面更多推荐（▼ 点击跳转）高引文章 ▸▸▸▸iMeta...

转载 iMeta | 被引超2800次，发文179篇，百引耗时16天(2024/4/17)

iMeta 被引超2800次，发文179篇，百引耗时16天(2024/4/17)根据 Dimensions 网站统计，截止2024年4月17日，iMeta 己发表论文179篇，被引2843次，立即指数15.88，百引耗时16天！其中，2023年引用1617次。根据Dimensions网站显示，全球有DOI文章共有144,503,980篇，被引用1,915,563,210次，平均引用13.26次。2...

转载 SCLS | 山大刘双江组基于网络构建和配对共培养研究肠道微生物之间相互作用

肠道中存在数以万亿计的微生物，它们通过互利共生（正相互作用）、拮抗抑制、竞争（负相互作用）等方式形成复杂的微生物互作网络。先前的研究主要利用高通量测序数据解析微生物群落结构并预测微生物关联网络，而预测的微生物网络通常包含数百个节点和上千条边，其高度复杂性使得实验验证互作网络中的微生物互作方式难以进行。因此，该领域的研究一直处于高度描述性阶段，缺乏对微生物相互作用的实验验证，亟需建立相应的研究方法。...

转载 肿瘤治疗新视角！VITA单细菌转录组技术揭示肠道菌群精准功能研究

人肠道菌群是定植在人肠道内、长期与人体相互依存的微生物群，其数量是人体自身细胞数的10倍，所编码的基因有100万个以上，被称为人体的“ 第二基因组〞。越来越多的研究证实，肠道菌群共同维持肠道内微生态平衡，与人体的消化、吸收、代谢、免疫调节、能量转化等多项功能密切相关，肠道菌群紊乱与肿瘤、腹泻、肥胖、心脑⾎血管、神经系统等多种疾病密切相关。肠道菌群研究从代谢性疾病、神经系统疾病、心脑血管疾病，到免疫...

原创 QIIME 2教程. 15纵向和成对样本比较q2-longitudinal(2024.2)

进行纵向和成对样本比较q2-longitudinalPerforming longitudinal and paired sample comparisons with q2-longitudinalhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/longitudinal/https://www.bilibili.com/video/BV1AF4m1N7h6注：此...

转载 韩方普研究组在黑麦着丝粒研究中取得新进展

韩方普研究组在黑麦着丝粒研究中取得新进展着丝粒是真核生物染色体的重要结构，其功能异常通常会导致细胞分裂时染色体无法正确分离，进而影响植物的生长和发育。着丝粒的显著特征之一是其核小体含有H3组蛋白变体CENH3。近年来，通过对CENH3的编辑，已成功在拟南芥、玉米和小麦等植物上实现了单倍体诱导，揭示了在植物育种中着丝粒研究的潜在价值和重要性。此外，着丝粒也是人工合成染色体不可或缺的组成部分。因此，对...

转载 Microbiome｜李宁宁/李会良/张雪松团队揭示肠道代谢物吲哚丙酸恢复自闭症小鼠的社交和认知缺陷的新机制...

⁣⁣⁣⁣　⁣⁣⁣⁣　⁣⁣⁣⁣　⁣⁣⁣⁣　⁣⁣⁣⁣　肠道代谢物吲哚丙酸通过激活ERK1改善海马抑制性突触传递失衡以恢复16p11.2微缺失小鼠的社交和认知缺陷通讯员 江健孤独症谱系障碍（autism spectrum disorder, ASD）又称孤独症、自闭症，是一种高度遗传性和异质性的神经发育性障碍，其核心症状为社交缺陷和重复刻板行为【1】。据世界卫生组织统计，全球ASD患病率约为...

原创 QIIME 2教程. 14样品分类和回归q2-sample-classifier(2024.2)

样品分类和回归q2-sample-classifierPredicting sample metadata values with q2-sample-classifierhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/sample-classifier/https://www.bilibili.com/video/BV1uH4y1T7Fb/注：q2-sample...

原创 QIIME 2教程. 13数据评估和质控q2-quality-control(2024.2)

数据评估和质控q2-quality-controlEvaluating and controlling data quality with q2-quality-controlhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/quality-control/https://www.bilibili.com/video/BV1rT421m78C/注：本教程将演示如何为...

原创 QIIME 2教程. 12训练特征分类器Training feature classifiers(2024.2)

训练特征分类器Training feature classifiers with q2-feature-classifierhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/feature-classifier/https://www.bilibili.com/video/BV1TM4m1D7SW/注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章，至少完成本系列1简介和安装...