个人Conda配置R Seurat记录

服务器不自带R，只能想办法自己安装

已知两个思路，1 自己安装R； 2 利用conda配置R

1 自己安装R 尝试：
a 直接用命令安装R，成功安装了R4.1.2, VScode的R插件能识别

b 自己下载或者wget R-base安装包，然后放到服务器开始安装

两个都尝试了，但是发现可能还需要编译 或者指定R path，把自己弄得比较晕

之前一直用conda管理python环境，相对比较熟悉；conda环境也比较独立，考虑使用conda

2.在 医学AI交流群里问了一下，有大佬给出链接：
在服务器上运行R · 语雀

按照上述链接用conda配置R的环境

中间有一些要不要用conda镜像的细节，自己用的时候还是加上了 --channel 

mamba自己之前没用过，开始重新安装，还是pip安装最快。

。。。

安装好带r-base的环境之后，出现一个明显的warning：

During startup - Warning messages:
1: Setting LC_TIME failed, using "C" 
2: Setting LC_MESSAGES failed, using "C" 
3: Setting LC_MONETARY failed, using "C" 
4: Setting LC_PAPER failed, using "C" 
5: Setting LC_MEASUREMENT failed, using "C"

参考几个类似的博客，在bashrc里面加上了两行代码，已解决

安装seurat之前尝试安装了几个包，

install.packages('remotes')

install.packages('BiocManager')

install.packages("ggplot2")

发现ggplot2这种安装需要有依赖的包没办法安装，类似的还有tidyverse

自己尝试了发现

conda install -c conda-forge r-tidyverse
利用conda能完成安装。

后续找到一篇博客，碰到和我基本一样的问题，后续基本就是抄他的作业：
在linux系统、conda环境下配置R软件及R包（内含fatal error: glpk.h: No such file or directory不完全解决办法:(_glpk.h:no such file or directory-CSDN博客

conda install -c r r-Seurat

之后因为网络波动等了很久，但是能正常安装（后续觉得还是最好指定版本，目前正在指定版本重新安装）

碰到的问题基本一致，

Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 namespace ‘htmltools’ 0.5.6.1 is already loaded, but >= 0.5.7 is required

尝试去手动删除旧版htmltools，后面直接用conda重新安装htmltools了

然后多碰到一个类似的报错：
 namespace ‘spatstat.utils’ 3.0-3 is already loaded, but >= 3.0.5 is required

似乎都是旧的包没有删除干净的问题

也是用conda 重新安装解决了

最后：
> library(Seurat)
Attaching SeuratObject
Seurat v4 was just loaded with SeuratObject v5; disabling v5 assays and
validation routines, and ensuring assays work in strict v3/v4
compatibility mode

查看了包的版本，确实：
              Seurat         SeuratObject        
             "4.4.0"              "5.0.0" 

决定指定版本重新安装