药学视角零基础复现基于IEU数据库的孟德尔随机化在线分析（二）——R包的安装以及访问令牌的获取

一、R包的安装

打开Rstudio

加载我分享的脚本文件，文件将分享在《（四）在线处理IEU数据MR的脚本文件》，进行下载。

open以后是这样的

然后光标放在第二行，点击RUN

依次执行安装相关的R包，不要闲多，以后也会用到，一次性安装完了省事儿。

首先修改镜像

options(BioC_mirror="https://mirrors./bioconductor/") 

然后安装BiocManager

install.packages("BiocManager")

接着继续修改镜像

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

安装剩下的四个包

BiocManager::install("VariantAnnotation") 
remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR") 
remotes::install_github("mrcieu/gwasvcf") 
remotes::install_github("mrcieu/gwasglue")
remotes::install_github("mrcieu/ieugwasr")

安装时候注意

1、如果没有出现蓝色的>，则证明R正在工作中此时不要做其他的操作，等待即可。

2、出现下图的字样，则证明安装成功。

3、如果已经安装了相应的包，则会出现提示。

会提示你更新，此时输入n，不更新即可。（为什么不更新呢，包能用能跑就不要更新，以免包与包之间版本不兼容）

4、以上的几个包除了TwoSampleMR包安装的时间比较长以外（因为它会自动下载相关协同作关联的包），其它的包大概就是3分钟左右吧。

5、为什么换镜像，不一直用一个镜像呢，个人体验这样下载比较快，当然每个人的网络环境不同，当下载安装慢的时候（超过15min）可以试试换个镜像再下载。

二、访问令牌的获取

什么是Token？

Token是服务端生成的一串字符串，以作客户端进行请求的一个令牌，当第一次登录后，服务器生成一个Token便将此Token返回给客户端，以后客户端只需带上这个Token前来请求数据即可，无需再次带上用户名和密码。

简而言之，有了这个令牌就可以在线获取IEU数据，否则是没有权限的。

打开这个网址：IEU OpenGWAS project

Microsoft、GitHub两种登陆方式都可以

1、Sign in with Microsoft

会弹出一个登陆框，输入你的微软账号密码或者电脑的PIN即可自动关联登陆，登陆进去以后如下图。

因为我已经获取了，Token已经生成了，进去以后会是这样的界面，过期时间是2024-07-25。

点击Reset，即可刷新一个新的Token。

这时候一定要全选框内的访问令牌，然后复制到自己的小本本上，因为这是唯一一次复制的机会。

将复制好的访问令牌复制到脚本代码的相应位置。

2、Sign in with GitHub

相信大家要问什么是GitHub？

这是GitHub的网址
 

GitHub是一个代码托管、讨论、问题跟踪、项目看板、集成API等功能的平台，基本功能是免费的，用户可以免费创建无限数量的公共仓库，但私有仓库则需要付费。

简而言之就是个代码平台，我们做孟德尔随机化不需要理解它，仅需要注册一个账号即可。

GitHub账号注册

点击右上角的Sign up就可以注册账号。

点击continue

设置密码、设置用户名然后邮箱验证，即可拥有自己的GitHub账号。

然后用这个注册好的GitHub账号登陆刚才的Open GWAS API即可。

登陆后同样是这个界面，其他操作同上。

好了，到了这里你就完成了孟德尔随机化所有R包的安装和访问令牌的获取，下一个章节我们将进行IEU数据的选择、获取以及处理。