药学视角零基础复现基于IEU数据库的孟德尔随机化在线分析（三）——IEU数据库的筛选及在线数据分析实操

已于 2025-03-14 12:43:43 修改
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分类专栏： 药学数据分析专栏 文章标签： 数据分析 数据挖掘
于 2024-07-17 10:52:19 首次发布
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一、IEU数据库的筛选

打开网址：IEU OpenGWAS project (mrcieu.ac.uk)

在框内输入你想查询的暴露因素，例如Mineral and other dietary supplements（矿物质及其他膳食补充剂）

 

接着选取自己想要研究的的暴露因素的【GWAS ID】，以第一个ukb-b-7043为例。

然后检索结局指标，【stroke】

选择数据集ebi-a-GCST90038613作为结局指标。

二、在线数据分析实操

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药学视角零基础复现基于IEU数据库的孟德尔随机化在线分析（二）——R包的安装以及访问令牌的获取
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孟德尔随机化所有R包的安装和访问令牌的获取，下一个章节我们将进行IEU数据的选择、获取以及处理。
R数据分析：孟德尔随机化实操
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11-07 2666
好多同学询问孟德尔随机化的问题，我再来尝试着梳理一遍，希望对大家有所帮助，首先看下图1分钟，盯着看将下图印在脑海中：上图是工具变量（不知道工具变量请翻之前的文章）的模式图，明确一个点：我们做孟德尔的时候感兴趣的是x和y的关系，也就是小b，但是我们直接去跑x对y的回归肯定是不对的，因为有很多的U，因此我们借助工具变量G（关于工具变量我们之前的文章有详细的解释，请自行查阅），去估计我们感兴趣的小b。
孟德尔随机化代码 数据提取-在线
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【代码】孟德尔随机化数据提取-在线。
无需编程技能：医学生也能轻松进行孟德尔随机化分析的网页工具
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孟德尔随机化（MR）
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包可以进行双样本的孟德尔随机化分析即一组样本为工具变量-暴露因素，另一组为暴露因素-结局变量。
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涉及暴露数据的自动Screening、结局数据的自动Screening、暴露数据与结局数据的联合、进行两样本孟德尔随机化、绘制散点图、森林图、多效应检验、敏感性分析等等。设置连锁不平衡的判断标准，介于0~1之间，r2=1表示两个SNP是完全的连锁不平衡的关系，r2=0则表示两个SNP是完全连锁平衡的关系，也就是说这两个SNP是完全随机分配的。因为这个数据库特别的。这个界面的选项可忽略，你设置也可以，就是选择相应变量在数据中的名称，不过选不选，对你分析也没任何影响。界面浏览上传的原始暴露数据的变量名称。
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欢迎关注”生信修炼手册”!通过孟德尔随机化研究，可以基于GWAS的结果来推断不同表型之间的因果关系， 比如使用的很广泛的两样本MR分析对于暴露因素X和结局变量Y两个表型，以遗传变量G为工...
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### 使用 R 调用 IEU GWAS 数据库 API 在 R 中调用外部 API 并获取数据通常可以通过 `httr` 和 `jsonlite` 等包来实现。这些包提供了发送 HTTP 请求以及解析 JSON 响应的功能。对于 IEU GWAS 数据库，其官方文档可能已经列出了可用的端点和参数结构。 以下是具体的方法说明： #### 安装必要的包 为了完成此操作，需要加载几个重要的 R 包： - **httr**: 用于发送 HTTP/HTTPS 请求。 - **jsonlite**: 将返回的数据转换为易于使用的 R 对象。 - **dplyr**: 可选，用于进一步处理和分析数据。 如果尚未安装上述包，则可以运行以下命令进行安装： ```R install.packages(c("httr", "jsonlite", "dplyr")) ``` #### 加载所需库 加载所需的 R 库以便后续使用： ```R library(httr) library(jsonlite) library(dplyr) ``` #### 构建请求并提取数据 假设 IEU GWAS 提供了一个 RESTful API 接口，下面是一个简单的例子展示如何查询特定基因的相关研究数据[^1]。 ##### 示例代码 ```R # 设置目标 URL (替换为你实际要访问的具体 API 地址) url <- "https://gwas.mrcieu.ac.uk/api/v1/studies" # 发送 GET 请求到服务器 response <- httr::GET(url) # 解析响应内容为 JSON 格式 data <- jsonlite::fromJSON(httr::content(response, as = "text")) # 查看前几条记录以确认数据已成功读取 print(head(data)) ``` 以上脚本实现了向指定地址发起网络请求，并将接收到的内容转化为适合本地计算的形式。注意这里的 URL 是虚构出来的，请参照真实服务提供商给出的确切路径调整相应部分。 #### 处理复杂情况下的分页机制 许多现代 Web APIs 都支持分页功能，在这种情况下我们需要循环遍历每一页直到收集齐全部资料为止。这里提供一种通用解决方案作为参考： ```R all_results <- list() page_number <- 1L repeat { current_url <- paste0(base_api_endpoint, "?page=", page_number) res <- httr::GET(current_url) parsed_res <- jsonlite::fromJSON(httr::content(res, as="text")) all_results[[as.character(page_number)]] <- parsed_res$data if (!parsed_res$has_more_pages){ break; } page_number <<- page_number + 1L } final_dataset <- do.call(rbind.data.frame, lapply(all_results, function(x){return(as.data.frame(x))})) ``` 这段程序片段展示了当遇到多页面结果集时该如何自动化抓取整个集合的过程[^2]。 --- ### 注意事项 尽管 utils 包确实包含了多种辅助函数方便日常任务执行，但它并不直接涉及远程 web services 的交互逻辑。因此针对像 IEU GWAS 这样的在线资源检索需求来说，更推荐采用专门设计用来应对这类场景的技术栈组合方案。
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