生物信息之独孤九剑——vim

编者按：

在金庸武学体系的众多武功之中，独孤九剑并不是最强劲的武功，它与其他武林绝学有很大的不同，可以说是鹤立鸡群。比如乔峰的降龙十八掌，段誉的六脉神剑，张无忌的九阳神功，石破天的罗汉伏魔神功，这些神功都需要强大的内力支撑，而独孤九剑则不同，不需要内力，这点其实可以从华山派气宗与剑宗的分歧就可以看出来。独孤九剑传人风清扬属于剑宗，更注重招式，而不是像剑宗注重练气。独孤九剑分为总诀式，破剑式，破刀式，破枪式，破鞭式，破索式，破箭式，破掌式，破气式，遇到不同的场景使用关不同的招式，因此，独孤九剑更加注重问题的解决，本质上就是就是通过工具来解决问题。只要学会这九剑，就可以处理很多的问题。学习生物信息也是同样的道理，当然练好内功，掌握很好的基础是非常必要的，但是也可以学习一些小工具，解决一些实际问题。那么从这次内容开始，我们就来给大家介绍生物信息之独孤九剑。

vim是Linux系统中非常重要的文本编辑工具，熟练使用vim可以显著提高工作效率。vim文本编辑器的作用类似于windows下面的word，不仅可以用来写东西，还具有格式化，查找、替换等等非常多的功能。掌握一些技巧会使工作起来非常容易。Linux系统的文本编辑器，可以用来写脚本，比如将生物数据处理的命令写到一个文件中。另外可以用vim来编写程序，比如写perl程序，python程序，c程序等等。vim和emacs被称为程序员神器，可见功能有多强大。

vim有三种模式，分别是命令模式，插入模式，和可视化模式。

一、开始编辑文档

在Linux命令行模式下，直接敲vim即可启动程序，其中最常用的是命令模式和插入模式，插入模式也叫做书写模式。不同模式的切换是用按esc键，在vim任何状态下，只要敲esc键，都是切换到命令模式。这个操作相当于将鼠标移到菜单功能区。这个时候按小写字母i、o、或者a则切换为插入模式。可以进行文本输入了。

二、保存文档

文本编辑好了之后，接下来就需要保存了。首先按ESC键，切换回到命令模式。然后按shift+冒号。注意左下角出现了冒号，这个时候就表示可以敲命令了。之所以要用shift加冒号，是因为键盘上无法单独输出出来，我们前面提到过，在很多工具中，都是出现冒号的地方，表示可以敲命令了。这个时候，敲小写字母w表示保存，如果是一个新建的文件，就需要给定一个文件路径和名字，保存为一个新文件，敲w 空格，后面接要保存的文件路径和名字即可，这个操作相当于word的ctrl+s保存。

三、退出程序

保存之后需要退出程序，再次生成冒号，敲小写字母q，则退出程序。如果是在一个原文件上修改，按w后接一个文件名，则表示另存为，相当于word的ctrl+shift+s，也可以直接敲小写字母x，即为保存并退出。如果编辑完文件，不想保存，直接退出，该如何操作呢，这个非常重要，因为很多新手打开vim后不知道该怎么退出了。这个时候按ctrl+C终止程序并不管用。这里面要注意，正确步骤是，首先是ESC切换到命令模式，然后shift+冒号，产生可以敲命令的冒号。然后敲q和感叹号。表示不保存退出。保存退出是wq，不保存退出是q感叹号。

四、vim设置

需要修改/ect/vim/vimrc文件，或者个人用户可以在home目录下创建一个点vimrc文件。敲vim 点vimrc，然后就新建了这个文件，然后敲字母i进行编辑。这个时候如果键入syntax on，表示语法高亮，这个是什么意思呢，这个是vim最炫酷的一个功能，它会根据文件扩展名，将文本内容显示不同的颜色。比如这里打开一个pl文件，这样一个perl程序，那么vim就会把不同的关键字显示不同的颜色，比如my，if，while这些关键字用不同颜色显示，大括号成对显示，非常方便。这就是为什么说vim是程序员神器。如果设置set nu，就会在每一行前面显示行号。nu是number的意思。set encoding=utf-8则让vim支持中文显示，set ruler"打开光标的行列位置显示功能 ，set nobackup不设置备份，否则vim修改一个文件之后，会生成同样一个结尾包含波浪线的备份文件。set tabstop=4 ，一个tab是4个字符 。