生物信息百Jia软件（七）：glimmer

编者按

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前面写了专题《手把手教你生物信息分析平台搭建》，然后又介绍了很多《生物神奇网站》资源，也介绍了《生物信息之独孤九剑》Linux操作。那么万事俱备，就开始学习生物信息吧。所以，我们开始新的篇章——《生物信息百jia软件》。百Jia是什么意思呢？可以是百佳，也可以是百家，还可以是百加。从100家中选择100款优秀软件，掌握这些软件，就可以扩展出更多内容，这就是百Jia。

一、功能分类：
原核生物基因预测

二、软件官网：
http://ccb.jhu.edu/software/glimmer/index.shtml

三、软件介绍:
Glimmer是用于原核生物基因组预测的工具，只要输入原核生物基因组即可得到其基因信息。不过该软件最终结果只是基因的位置信息，需要额外程序将基因从基因组上提取出来，并翻译成对应的氨基酸序列。

四、下载安装：
tar -zxvf glimmer302b.tar.gz
cd glimmer3.02
make
五、软件使用：
glimmer并不能像prodigal那样，一步完成工作。Glimmer做基因预测一般需要2个步奏。首先是建立预测的模型，第二步是利用模型来对基因组进行基因预测。模型也叫训练集，也就是先让软件了解基因的一些特征，这样软件就能根据已知的信息，来推测未知的信息。
建立模型采用build-icm程序来完成。build-icm的输入有三种。
1、某基因组的已知信息