nanopore测序技术专题（五）：建库测序

最新推荐文章于 2022-06-15 16:58:23 发布

基因学苑

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本文介绍了纳米孔测序技术中的DNA建库测序过程，强调了DNA质量对测序结果的重要性。建库过程相对简化，减少了误差来源，且在某些情况下可避免PCR步骤。此外，文章提到了自动化设备VolTRAX在建库中的应用，为实验流程提供了便利。

摘要由CSDN通过智能技术生成

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所谓建库测序就是对测序的DNA进行一些处理，是一个“格式化”的过程，需要将DNA处理成固定的模式才可以。例如需要给原始的DNA加上A碱基，接头，测序引物，index或者barcode标签等。建库测序是DNA测序过程中非常重要的一个环节，可以说直接影响到测序质量，建库效果不好，测序质量不可能好。

DNA提取
纳米孔可以测序DNA本身长度的读长，这就需要原始DNA具有的长度。因此，在测序之前能够提取到相对完整的DNA比较重要。由于不同物种DNA提取方法不同，这就需要依据一些不同样本提取的经验方法。例如植物基因组具有细胞壁，而且由于次级代谢物如多糖和多酚含量很高，很难从植物细胞中获得纯净、优质的高分子量（HMW）DNA。这种污染物的存在会对下游分析应用产生很大影响，也是测序产出低的最常见原因之一。nanopore社区提供了一个不同物种提取的经验方法交流社区，可以在里面找到适合自己样品提取的方法。

在这里插入图片描述

提取出来的DNA对浓度和质量的要求与其他分子生物学实验的要求差不多，尽量保证更长的片段，不要有RNA或者蛋白质的污染。
1、如何评估DNA质量？
可以使用Nanodrop仪器进行检验。
DNA ：A260/A280 = ~1.8 ，A260/A230=~2.0-2.2
RNA : A260/A280 = ~2.0 ，A260/A230=~2.0-2.2