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生物信息神奇网站
基因学苑
这个作者很懒,什么都没留下…
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生物信息神奇网站系列(二):Python绘图Gallery
前面我们介绍了R语言绘图的Gallery,受到三名用户的强烈反响,他们情绪激动,难以抑制内心的激动与喜悦。这次我们继续来介绍python绘图的gallery,希望大家控制好情绪。与R的类似,最近新增了一个python灰度的gallery,那为什么没一起介绍呢,因为我想多增加一篇内容,I am a 耿直boy。二:python galleryhttps://python-graph-galler...原创 2019-07-08 10:04:12 · 2144 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(十九):已发表动物基因组列表
随着测序的普及,越来越多的动物基因组被测序出来,目前已知就包括人类,大熊猫,猪,牛,绵羊,马,鸡,白鳍豚,藏羚羊,青蛙,牦牛等等物种。目前维基百科有专门页面用于公布已发表动物基因组,而且还在不停添加中。我们在文章尾部为大家提供了一份中文版的已发表动物的表格。十九:已发表动物基因组列表https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequenced_animal_g...原创 2019-07-21 22:15:45 · 1639 阅读 · 2 评论 -
生物信息神奇网站系列(十八):w3school
做生物信息,有时候不得不多学习一些计算机语言,例如学习html语言将数据分析结果更友好的展示,也方便自动化;学习svg语言,可以绘制高质量的数据可视化图,而且更加方便调节,W3Cschool是因特网上最大的WEB开发者资源,是完全免费的,里面包含大量基础计算机语言的教学,虽然案例都比较初级,但是依然是非常好的资源站点。其实这个w3schol和w3cschool是不一样,不过也不用区分这些了,这个站...原创 2019-07-21 22:05:31 · 320 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(十五):R CheatSheets
以前学习外语,有很多方便记忆单词的小卡片。而R语言学习过程中,需要学习记忆很多函数以及很多有用的包,学习成本很大。而Rstudio网站为我们提供了很多“小抄”,cheatsheets,可以方便记忆这些R函数。十五:R CheatSheetshttps://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/1、Rstudio网站不仅提供了好用的R集成开发环境Rstud...原创 2019-07-17 08:29:42 · 569 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(十四):基因组大小统计
基因组大小是生物一个明显的特征,一般来说越复杂的生物基因组大小越大,例如哺乳类大于鸟类,鸟类大于真菌,原核生物大于病毒。因为越复杂的生物需要越多的基因完成功能,不过也有很多特例,例如植物由于是多倍体,基因组大小可能非常大。知道一个物种,就可以对基因组复杂程度以及测序数据大小有个预估,这个指标还是很有意义的。目前已经测序出很多物种,当然可以通过基因组序列得到,也有一些网站收集已知物种基因组大小,方便...原创 2019-07-17 08:26:39 · 3082 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(十七):Bioconductor Workflows
bioconductor是R语言一种重要的项目,是专门利用R处理生物数据,类似于biopython与bioperl等,不过Bioconductor功能更加强大,不只是辅助处理一些生物数据。而是有些生物数据可以完成一整套分析内容,例如芯片数据和RNAseq数据等。Bioconductor分成独立的软件算法,实验数据,注释三部分,这三部分可以组合起来,完成一个完整的数据分析过程,不过Bioconduc...原创 2019-07-18 21:05:14 · 668 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(十六):Notebook Gallery
前面我们已经介绍过过不少Gallery,包括R绘图与Python绘图,见下面链接。现在python越来越火了,而Jupyter Notebook工具可以极大方便python的学习,可以将代码与执行结果合二为一,非常方便文章的书写。Notebook Gallery网站收集大量利用Jupyter Notebook书写的文档,方便python学习。十六:Notebook Galleryhttp://...原创 2019-07-18 21:02:39 · 316 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(九):批量下载序列
在《手把手教你生信分析平台搭建专栏》中,我们介绍过利用Aspera快速下载生物数据,例如下载某个物种基因组数据。但是如果想下载来自多个物种的不同基因序列,例如给定一个基因列表list,如何下载到这些序列呢?这就需要用到Batchentrez。九:批量下载序列Batchentrezhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez批量下载基因序列有多种...原创 2019-07-11 15:41:28 · 1693 阅读 · 2 评论 -
生物信息神奇网站系列(八):SCI-HUB
牛顿说“我之所以能成功 ,是因为我站在巨人的肩上”,所谓教学相长,知识在于分享。其实我一直佩服论文出版业的商业模式,简直是一本万利。科学研究者自己辛辛苦苦做出的研究成果,写成文章,不给稿费就算了,投稿还需要版面费,而且还挺贵,同行评议机制,让审稿人免费点评,而且审稿人还会乐此不疲,引以为荣,最终读者还需要付费购买,(包括作者自己)。这简直是商业模式的巅峰之作。不过存在即合理,但是另一方面,哪里有压...原创 2019-07-11 15:37:47 · 1169 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(十三):数据可视化Catalogue
前面已经介绍过R与Python绘图的Gallery,不过还有一个问题就是,如何知道每种绘图所表现的内容,例如如何表现分布,如何表现频率变化,如何表现趋势变化等,datavizcatalogue网站对多种绘图进行总结,并且支持中文,对每种绘图形式都有所介绍,可以通过这个网站学习一些数据可视化的内容。十三:数据可视化Cataloguehttps://datavizcatalogue.com/ind...原创 2019-07-14 22:05:47 · 812 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(十二):机器学习数据集
天天都被媒体的大数据,机器学习,人工智能忽悠,但是常言道“巧妇难为无米之炊”,要实现这些,数据才是重点;有时候想测试一些算法,手头没有现成的测试数据也比较麻烦。不过,加州大学欧文分校提供了一个机器学习的数据集,可以从中下载大量数据,用于机器学习研究。十二:加州大学欧文分校机器学习数据集http://archive.ics.uci.edu/ml/index.php1、登录网站,可以看到“Wel...原创 2019-07-14 21:54:26 · 521 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(七):Mybiosoftware
上一次我们介绍了omictools网站,网站功能很多,因此层级有些乱,想找到合适的软件有些复杂。mybiosoftware是一个传统的博客类网站,可以作为生物软件网址导航,相比于omictools,更加好用一些,没有比较过哪个站点收集生物软件更多。这重要吗,当然不是,谁都不可能把所有软件都使用一遍,软件只是工具,了解工具原理和使用工具同样重要,弱水三千,只取一瓢足矣。七:生物软件集合mybios...原创 2019-07-09 22:17:21 · 749 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(六):Omictools
做生物信息一定需要使用生物软件,那么就会有遇到几个问题:这个分析使用哪款软件,有哪些软件可选,哪一个更好,从哪里找软件,如何下载,如何安装,如何使用?Omictools是一个生物软件的集合网站,并按软件功能和热度对软件进行整理和排序,使用omictools,老板再也不用担心我该使用哪款软件了。六:生物软件集合Omictoolshttps://omictools.com/1、首页既是一个醒目的...原创 2019-07-09 22:13:49 · 2402 阅读 · 2 评论 -
生物信息神奇网站系列(十一):CodeSchool
学习生物信息需要编程,而编程对很多从事生物研究的来说又很难,其实编程对很多人来说都不简单。那么能不能轻松愉快的就学习编程呢,这就是codeschool,中文翻译就是代码的学校,一个让编程充满乐趣和轻松的编程学习网站。十一:CodeSchoolhttps://www.codeschool.com/1、登录网站,网站比较简洁漂亮,正中央是一句口号“Learn.Practice.Win”,学习,练...原创 2019-07-13 14:34:42 · 1066 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(十):生物数据库集合
生物软件与生物数据库是做生物信息两大利器,前面我们介绍了生物软件集合网站omictools与mybiosoftware。这次介绍一个生物数据库的集合。Nucleic Acids Research Database。十:生物数据库集合http://www.oxfordjournals.org/nar/database/cap/OXFORD Journals 在线页面包含一个常用数据库的页面。里...原创 2019-07-13 14:31:39 · 1840 阅读 · 2 评论 -
生物信息神奇网站系列(五):文件格式解析
生物信息本质上是利用生物软件处理生物数据,不过在执行的过程中就变成了各种文件格式的相互转换。有生物信息学家开玩笑说自己每天的工作就是文本格式转换,其实是这样的,例如常见的从qseq到fastq,从fastq到bam,从bam到vcf等。所以,了解生物数据的文件格式很重要,这里UCSC给出了一个页面,里面包含了常见各种生物数据格式解析。五:文件格式解析https://genome.ucsc.ed...原创 2019-07-08 22:58:03 · 430 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(四):Biostars
biostars其实是一个问答网站,与国外很多IT技术或者数据分析的热门问答网站类似,例如stackoverflow,不过biostars是专注于生物信息类的问答,随着生物信息行业的兴起,生物数据分析的流行,biostars人气也越来越高。通过这么多年的累计,几乎你所遇到的技术问题,这里面都能找到答案。四:Biostarshttps://www.biostars.org/1、典型的问答类网站...原创 2019-07-08 22:54:39 · 3426 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(三):Seqanswers
seqanswers是最早的生物信息论坛,应该已经有些年了。里面累计了大量关于高通量测序以及生物信息分析的精华帖子,以前遇到问题,都会到里面找答案。而且论坛里面卧虎藏龙,很多生物软件的作者都在里面潜水,有些也会主动回答很多问题,当年bwa与subread之争就在这个阵地上进行的。不过这个论坛用户体验一直不好,无论是外观设计还是内容展示,目前更多的人选择Biostars论坛。三:seqanswer...原创 2019-07-08 16:14:24 · 946 阅读 · 0 评论 -
生物信息神奇网站系列(二十):已发表植物基因组列表
上一次推送中我们介绍了已发表动物基因组,植物同样重要。目前已经有很多熟知的粮食蔬菜水果类等植物基因组发表出来,也包括很多重要经济作物等。例如水稻,玉米,高粱,大豆,小麦,土豆,白菜,西红柿(别拿我不当蔬菜),甘蓝,苹果,西瓜,梨等等。同样还是在维基百科有详细列表,可以通过这个网址查看已发表植物基因组。二十:已发表植物基因组https://en.wikipedia.org/wiki/List_o...原创 2019-07-22 21:24:58 · 2523 阅读 · 0 评论