生物信息百Jia软件（24）：trf

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编者按
trf可以用于串联重复序列的查找，因为这是基因组上的显著特征，因此查找起来并不难，这个串联重复序列也就是所谓的拷贝数变异CNV。那么为何不能用trf来找CNV呢，其实是完全可以的，现在没法这么用，是因为无法得到全基因组序列。

一、功能分类：
串联重复序列预测

二、软件官网：
http://tandem.bu.edu/trf/trf.html

三、软件介绍:
Trf是（Tandem Repeat Finder）的简称，用来搜寻DNA 序列中的串联重复序列（即相临的重复两次或多次特定核酸序列模式的重复序列）。重复单元可以从1bp 到500bp，DNA 查询序列大小可以超过5M。

四、下载安装：
wget http://tandem.bu.edu/trf/downloads/trf409.linux64
mv trf409.linux64 trf
五、软件使用：
trf File Match Mismatch Delta PM PI Minscore MaxPeriod
软件首先输入要预测串联重复序列的基因组文件，后面跟几组必须的值。
首先接file，
File: FASTA 格式的DNA 输入序列.
Match：匹配上
Mismatch