nanopore测序技术专题（四）：纳米孔测序原理

最新推荐文章于 2023-01-11 12:18:17 发布

基因学苑

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本文介绍了纳米孔测序技术的工作原理，它通过纳米孔中的电流变化识别DNA单链上的碱基，是一种单分子测序方法。纳米孔测序始于90年代，历经三次技术革新，包括单分子DNA通过纳米孔、单核苷酸精度控制及测序精度提升。此技术优势在于能读取长序列，简化重复区域组装，适用于物种鉴定和宏基因组研究。

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对DNA测序本质上就是识别ATCG四种碱基，但是一方面四种碱基实在太小了，属于纳米级别，另一方面嘌呤和嘌呤，嘧啶和嘧啶之间化学结构非常相似，不容易区分。从53年提出DNA双螺旋结构之后，生物学家一直努力通过各种办法识别四种碱基。目前主流的方法包括将四种碱基转换为光信号，溶液PH值，以及转换为电信号，通过放大后的信号来区分四种碱基。这也是目前主流测序仪的几种方案。sanger，illumina，BGIseq，Pacbio等选择光信号，Ion torrent选择溶液PH值，而nanopore选择电信号。测序不仅需要高端技术的支持，更是一项艺术性的创造。

神奇的纳米孔
纳米孔测序，顾名思义，核心就是利用一个纳米孔，将一个纳米孔蛋白固定在电阻膜上，然后使DNA双链解链成单链，在利用一个马达蛋白牵引DNA单链传过纳米孔，因为不同碱基属于生物大分子，本身还有不同电荷，因为通过纳米孔的时候会引起电阻膜上电流的变化，通过捕获电流变化来识别碱基，也就是我们前面介绍过的将化学碱基转换为电信号。纳米孔测序本质上也属于单分子测序。前面已经反复强调碱基特别小，还需要精确穿过纳米孔，可想而知技术难度有多大。纳米孔测序技术开始于90年代，经历了三个主要的技术革新：一、单分子DNA从纳米孔通过；二、纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制；三、单核苷酸的测序精度控制。一、单分子DNA从纳米孔通过；二、纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制；三、单核苷酸的测序精度控制。