【材料计算】输入文件POSCAR

POSCAR文件的结构:
可以把结构优化产生的CONTCAR拷贝成POSCAR,可以BPOSCAR/PPOSCAR拷贝成POSCAR
http://blog.chinaunix.net/uid-10577171-id-2947533.html


POSCAR:坐标文件,里面的信息就是你要计算的初始模型的原子坐标


第1行:第一行是体系名字,这个不要求必须正确,只是方便自己知道是什么体系。任意文字注释。
第2行:晶格常数(?),也是晶矢的缩放系数,后面所有长度值得自原值除以此值。a=b=c时取a即可,否则一般取三者最大值,若取负值,则为晶胞体积(?3)。可以直接设置成1.000000。
第3-5行:定义晶矢(晶格矢量):a ?b ?c?
第6行:元素名字和对应的数量。每种元素的原子个数,特别注意顺序,要与下面的坐标顺序以及POTCAR中的顺序一致。
第7行:可省略,无需空行。做动力学时,用于指定是否需要固定部分原子的坐标。若是,此行以‘S’或者‘s’作为首字母即可。
第8行及以后:坐标表达方式。可以借助MAterial Studios生成.cell文件来拷贝其内容。.cell文件中有晶矢和坐标。
第8行:Direct
第9行以后:
开始为原子的坐标位置,格式为
option line
coordinate1 of element1
coordinate2 of element1
...
coordinateN of element1
option line
coordinate1 of element2
coordinate2 of element2
...
coordinateM of element2
...
其中,option line指定输入坐标的格式,除了第一个以外,如果后面的输入格式同前,则都可以无空行省略。
option line可指定的输入坐标格式有两种:
‘D’or‘d’for direct mode
‘C’or‘c’or‘K’or‘k’for cartesian mode
顾名思义,前者是定义在三个晶矢方向上的坐标:R=R1×x+ R2×y +R3×z,R1,R2,R3为前面的晶矢,x,y,z为输入的三个坐标,R为原子坐标位矢,是相对于晶矢给出的,而后者则是以笛卡尔坐标系来给出原子的绝对坐标,实际就是将直角坐标除以前面第二行定义的晶胞常数后得到的坐标值。
如果第7行设定为S(Selective Dynamic),则可以用以下形式定义各坐标是否可以移动:
Selective dynamics
Cartesian
0.00 0.00 0.00 T T F
0.25 0.25 0.25 F F F


KPOINTS文件结构:


第1行:注释行。


第2行:k点总数,或者‘0’(自动生成网格(Automatic k-mesh generation))。


如果是前者,给出k点总数,又分为两种情况:


M:全手动(Entering all k-points explicitly),手动输入即自定义各个k点的坐标和权重,推荐只在能带计算时使用。此时:


第3行:输入格式标识。直角坐标(Cartesian)或倒易坐标(Reciprocal)。同样的,‘c’、‘C’、‘k’、‘K’for Cartesian,其他首字母则自动切换到Reciprocal。


第4~n行: 逐个k点的坐标描述。格式为“x y z W”。其中“x y z”是该点的三个坐标,W是权重。所有k点的权重相互之间的比例对了就行,VASP会自动归一的。


注意C坐标和R坐标的定义:


C:k=(2π/a)(x y z)


R:k=x*b1+y*b2+z*b3(b1-b3为倒易晶矢)


这里“x y z”只是代表了坐标的顺序,与坐标轴无关。


 


一般如非必要,可以先用自动模式生成k点,VASP会自动生成一个简约化后的k点矩阵,存于IBZKPT文件,可以直接复制里面的数据到KPOINTS文件中使用,这也是该输入法的主要用途,可以减少重复自动生成格点的时间。另一个用途是为了做精确的DOS(Density of status)计算,由于这类计算所需的k点数极大,通过全手动尽可能的优化k点也就必需了。


 


L:半手动/线形模式(Line-mode):在计算能带结构时使用,此时需要精确地选取k点,在指定的高对称性方向上生成指定数目的k点。此时:


第2行:指定两点间生成的k点数,不同于全自动的总k点数。


第2.5行:‘L’表示是线形模式。


第3行:输入格式标识,同前。


第4~n行:每行描述一个点,格式为“x y z”。每两行的点连成一条直线,在两点间生成指定数目的k点。每隔两行间以空行区分,例如:


k-points along high symmetry lines


10


Line-mode


Reciprocal


0  0  0


0.5 0.5 0


 


0.5 0.5 0


0.5 0.75 0.25


 


最常用的方法是让程序自动生成k点网格,用户只需定义网格取样大小即可。此时:


第2行:0


第3行:生成k点的方法。


“A”:全自动模式,可以看作以Г点为圆心以l为半径做圆,当然各晶矢不同时,相应的圆就被拉成了椭圆,以确保三个倒格晶矢方向上覆盖的k点数都为l


“G”:Г/Gamma方法


“M”:Monkhorst-Pack方法


其它首字母:高级模式,就是用C坐标或R坐标直接输入新的晶矢,一般不使用


第4行:在各个晶矢方向上分割各晶矢的点数。一般为奇数,使得产生的k点是以Gamma点为中心的。


第5行:是否移动网格点以及移动多少,也即偏移原点的位矢,一般设成“0 0 0”,表示不移动。


例如:
Automatic generation
0


Monhkorst-Pack


9          9  9


0.0  0.0  0.0




VASP的输出文件主要包括:


l       OUTCAR:包含运行VASP作业后得到的绝大部分计算结果以及每步迭代的详细情况;


l       CHG, CHGCAR:给出体系的电荷密度。两个文件内容相同,但前者的数据精度比后者略低一些;


l       DOSCAR, EIGENVAL:分别给出所计算体系的电子态密度和本征值。两个文件中的能量值都是绝对的;


l       WAVECAR:给出所计算体系的电子波函数,二进制文件,不可编辑;


l       OSZICAR:包含每次迭代或离子移动情况的简单汇总;


l       CONTCAR:给出离子进行弛豫时,每次移动后体系的晶格参数,与POSCAR内容相同;


l       PCDAT, XDATCAR:给出有关分子动力学模拟中的一些结果,如配对相关函数;

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