Rosetta 从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用

Rosetta 是一套用于模拟大分子结构的综合软件，具有灵活、多用途的应用。包括蛋白质和核酸的结构预测、设计以及重塑。Rosetta 的 web 服务器已经运行了数十亿的结构预测和蛋白质设计模拟，研究人员利用 Rosetta 可以更好地了解传染病、癌症和自身免疫性疾病的治疗方法，进一步应用于包括开发疫苗、新材料、靶向蛋白粘合剂和酶设计等。

课程以 Rosetta 软件为基础，以实例讲授和练习为主。依次讲授 Rosetta 软件基础、蛋白质结构 viewer、结构扰动与结构优化、蛋白质复合物预测、抗体抗原模型处理与对接、SSD 和 MSD 设计、 CartisenDDG 突变扫描、RosettaScript 开发流程、序列与结构设计、从头蛋白质设计等的操作等多个内容。

一 一. 从蛋白质折叠到蛋白质设计

教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。

1 蛋白质折叠与结构预测简介

1.1 主链二面角与二级结构

1.2 侧链堆积与三级结构

2 蛋白质设计简介

2.1 蛋白质设计的分类及应用

二. Rosetta 基础

三. 蛋白质结构viewer 、Linux 和Python 基础

教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。

3 POSE/MOVER/SCOREFUNCTION

4 LINUX 入门命令 令

4.1 用户属组及权限 目录文件属性

4.2 LINUX基础命令 环境变量

4.3 shell常用命令练习

4.4 conda介绍

四． 结构扰动与结构优化

五．序列设计

PackRotamer 和FastDesign

教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）

和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。

5 MINMOVER, MC MOVER,

FASTRELAX MOVER

5.1 Movemap

6 RosettaScript 组成和要素

6.1 Filter ResidueSelector

TaskOperation

6.2 DSSP/Disulfidize Mover

六. 蛋白- 蛋白对接基础

教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。

7 TRANSLAT 和ROTATION MOVER

7.1 Low resolution的全局搜索

7.2 High resolution的精细调整

7.3 FoldTree

七. 抗体设计

教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令

8 抗体结构 文件的处理

8.1 PyIgClassify

8.2 抗体抗原对接模型

8.3 CDR区优化

8.4 Framework区优化

案例实践：

 SSD 和MSD

八. CartisenDDG

九. RosettaScript 应用

教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。

9 序列与结构设计

9.1 Input和Output flags控制输入输出

9.2 CleanAtom结构预处理

9.3 ROSETTACLASH.LOG 和

RosettaCommons

9.4 ResFile等辅助文件

9.5 小改中改与大改

9.6 练习答疑

案例实践：

 FastDesign 设计任务