见贤思齐 | R语言可视化相关性分析

1. 被人推荐

看微信群中有人聊天，浏览了一下，不同专业的内容比较分散，很多读都读不通顺，隔行如隔山，真是如此！

忽然，一个朋友在里面推荐的几个R语言的公众号，学生物的推荐关注：

R语言使我们的共同语言：

我点进去一看：

• 木舟笔记：https://mp.weixin.qq.com/s/Qqxa8WfKU-tiqpegqueeww
• R语言数据分析指南，https://mp.weixin.qq.com/s/yQqmETSQfPoNCw-osrOeGQ
• 生信技能树：https://mp.weixin.qq.com/s/e_4dEtsVnypa5s-NXxkMqg
• 作图丫：https://mp.weixin.qq.com/s/RywicX-6M2wpNIZKE22BiA
• R语言和统计：https://mp.weixin.qq.com/s/1jlpZ738SRxFLdP3t4ddhA
• 联川生物：https://mp.weixin.qq.com/s/U4hM1Qx8ADIRUWNbWLglUA
• 科研生信充电宝：https://mp.weixin.qq.com/s/g-E99x3v2LZRFslKVtRRRA
• 统计之都：https://mp.weixin.qq.com/s/ExZG64lguQRGGHSYrUkZsw
• 小明的数据分析笔记本：https://mp.weixin.qq.com/s/clsq4-CASCYPdGKKgUxhZw
• 生信菜鸟团：https://mp.weixin.qq.com/s/ct_pgUHy-rfstZJtdU-7_w
• YuLabSMU: https://mp.weixin.qq.com/s/ay9kli9V2JENJRHNQSbohA
• 数据驱动实践：https://mp.weixin.qq.com/s/zgYsmdeDYVv-yoC2L8NCLw
• 医学统计与R语言：https://mp.weixin.qq.com/s/6d7vR1BhoLkVv2pXc51guA
• 当统计学遇到R语言：https://mp.weixin.qq.com/s/-f2shZfsGeo-Pdq7z0wbpw
• 育种数据分析之放飞自我：https://mp.weixin.qq.com/s/ubfHmAyQmHEPYvC7seqH3w

最后一个竟然是我的。。。高兴。。。

这几个公众号，我大都关注了。其余没有关注的，我也关注了一波。

毕竟，一打开这么多干货的公众号，感觉整个人都不同了，自我感动得热泪盈眶，不管学习成绩怎么样，但是书包一定要塞得满满的……

2. 正题

https://ggobi.github.io/ggally/reference/ggpairs.html 这篇文章，做多性状相关分析的可视化非常漂亮，抱着学习的态度，借鉴学习一下（读书人的事情不能叫抄。。。）

图片真得很漂亮，三个品种的多性状数据，相当于是分组数据的相关分析。这里记录一下学习笔记。

3. 没有分组的数据

载入数据：

library(learnasreml)
data(fm)
head(fm)

# 直接出图
library(GGally)
ggpairs(fm[,6:13]) # 6:13列为数据

3.1 加上颜色

因为ggpairs加颜色的话，需要一个因子类型的分组数据，这里手动设置一个分组：Group

## 模拟一个分组，只有一组：
str(fm)
fm$Group = 1
fm$Group = as.factor(fm$Group)
ggpairs(fm[,c(6:13,14)])

### 一个分组可视化，加颜色
ggpairs(fm[,c(6:13,14)],ggplot2::aes(color = Group))

可以看到，最下方是每个性状的直方图，右边是每个性状的箱线图，666。

3.2 美化一下

ggpairs(fm[,c(6:13,14)],ggplot2::aes(color = Group)) + 
  theme(axis.text = element_text(colour = "black", size = 11),
        strip.background = element_rect(fill = "#d63d2d"),
        strip.text = element_text(colour = "white", size = 12,
                                  face = "bold"))

4. 多个分组的数据

4.1 Spacing是两个密度

## 两个分组，Spacing
str(fm)
ggpairs(fm[,c(6:13,2)]) 

4.2 加点色（shai）

## 两个分组，加颜色
ggpairs(fm[,c(6:13,2)],ggplot2::aes(color=Spacing)) 

很不错。

4.2 再来点美化

### 两个分组，加颜色，加美化
ggpairs(fm[,c(6:13,2)],ggplot2::aes(color=Spacing)) + 
  theme(axis.text = element_text(colour = "black", size = 11),
        strip.background = element_rect(fill = "#d63d2d"),
        strip.text = element_text(colour = "white", size = 12,
                                  face = "bold"))

5. 小甜甜和牛夫人

花心大萝卜，以前用PerformanceAnalytics时喊人家小甜甜，现在发现了GGally喊人家牛夫人。

# 另一个包：
p_load(PerformanceAnalytics)
chart.Correlation(fm[,c(6:13)])

同样的数据，对比GGally包：

比较两者

相比较GGally包，有以下缺点：

• 1，不支持分组数据
• 2，没有箱线图的叠加
• 3，缺乏后期的美化

光是具有分组功能，就是选择GGally的理由！