Click结构比对软件使用相关——(待完善)

最新推荐文章于 2024-08-25 21:50:20 发布

病树前头

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分类专栏：生物结构文章标签： Click结构比对学习

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非人类语言awk

#!/bin/bash
SofPATH='/home/yhm/Work_proj/D-protein/Structural_Alignment/Click_X86_64'
QueryPATH='/home/yhm/DproteinDesign/rotation/retro_inverse_new/split_PDB/Helix1'
DataPATH='/home/yhm/DproteinDesign/Test'

#for i in *.pdb;
#    do 
        find -name $QueryPATH/*.pdb -print0 | $SofPATH/click $QueryPATH/1d0r1.pdb $DataPATH/$i | \
        awk '$1=="RMSD"{print $0}''$1=="Structure"{print $0}''$1=="Number"{print $15,$17}' ORS=' '|\
        awk '{print $0}' OFS='\n' >> AlignLog
#    done

./click ./data/1xxa-1tig/1xxa.pdb ./data/1xxa-1tig/1tig.pdb | awk '$1=="Number"{print $15,$17}''$1=="RMSD"{print $0}''$1=="Structure"{print $0}' >> test1

./click ./data/1xxa-1tig/1xxa.pdb ./data/1xxa-1tig/1tig.pdb | awk '$1=="RMSD"{print $0}''$1=="Structure"{print $0}''$1=="Number"{print $15,$17}' >> test1