MRtrix3在ubuntu20.04下的安装及可能遇到的坑

ubuntu最近更新到了20.04长期版，挺感兴趣，就自己重装了这个系统，然后安装了MRtrix3，准备研究下这个软件，下面把安装过程及我遇到的坑讲述一下，提供参考。
我的系统：双系统，其中ubuntu 20.04，电脑型号：联想Y7000P

先说下ubuntu的安装，我的电脑有独显，所以安装ubuntu的过程不太顺利，因为Linux与N卡有冲突。
坑：用U盘作引导安装，刚开始就碰到了进不去安装界面，一直处于花屏状态，解决方法是：重启，在grub界面（就是开机的引导界面）用小键盘的箭头选择ubuntu，然后按e，进入编辑模式，找到“quiet splash —”，改成“quiet splash nomodeset”。这一步的意思是改成选用集显，然后按F10（或ctrl+x），进入ubuntu的安装，安装过程就很顺滑，顺利安装好后，点击重启，然后再次会卡在引导界面，若选择ubuntu就会再次花屏，所以在引导界面选择高级模式，进去点点点，就可以进入系统（这个不难，网上都有讲的）。然后输入：

 sudo gedit /etc/default/grub

找到这行：GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT=“quiet splash”，改成：GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT=“quiet splash nomodeset” ，然后sudo update-grub，就可以正常登录了。
我主要依赖电脑的cpu算核磁，暂时用不上N卡，如果你有需要，就去网上百度下，装上N卡的驱动。

安装MRtrix3：
MRtrix3的官网（https://mrtrix.readthedocs.io/en/dev/）其实讲的满详细的，但是对于新手可能会有点棘手，因为安装的过程没有window那么傻瓜式。下面我详细讲一下：
1、先下载 miniconda（https://www.mrtrix.org/download/linux-anaconda/），anaconda太大了，下miniconda就够用了，

我下的是python3.7版本的，

2、用conda下载mrtirx3
输入

conda install -c mrtrix3 mrtrix3

如果terminal问你yes or no，就全部yes，按默认安装吧，没啥坏处。然后更新，

conda update mrtrix3

然后

conda update --all

这是用conda安装mrtirx3，conda是一个包管理工具，如果说不想用conda，也可以跟装fsl一样直接在linux下安装源代码。安装如下：
1、安装mrtrix3
官网说是有几个必须的软件的，C++11，python，Eigen，Qt，但是我没有全部安装。
先输入sudo apt-get install git g++ python libeigen3-dev zlib1g-dev libqt4-opengl-dev libgl1-mesa-dev libfftw3-dev libtiff5-dev libpng-dev，然后就报错，这个错误的原因很简单，有的因为版本不对安装不了。
这个时候我们一个个的安装，例如sudo apt-get install git，sudo apt-get install g++，这样都输下来，会发现python和libqt4-opengl-dev报错。回想一下，我记得之前在安装miniconda的时候，是安装了python的，这个时候检测下自己电脑里到底有没有python，输入python，发现确实有，而且是3.7.7版本的，所以就不用再安装了，跳过。但是这个libqt4-opengl-dev确实没有，需要安装Qt。
2、安装Qt5
Qt官网（http://download.qt.io/archive/qt/），我没有安装最新版的，感觉太大了，我选了一个不太新的，5.13.0版本，1.4G，2M的网速下载还是很给力的，很快下好了，(下图是已经下好了的)

然后进入到Download文件下，修改下文件权限

chmod +x qt-opensource-linux-x64-5.13.0.run

开始安装

sudo ./qt-opensource-linux-x64-5.8.0.run

（如果没有权限就sudo ru，我是在#下弄的，不过应该不需要）。然后进入了安装界面，傻瓜式的，注册个账号，一直点，没啥好说的，我把qt安装在了/usr/local/下面。
然后配置环境，因为我不用qtcreator，所以没弄这个，跟网上不太一样，输入如下：
打开环境变量文件

sudo gedit /etc/profile

在最后一行输入

export QTDIR=/usr/local/qt/5.13.0
export PATH=$QTDIR/gcc_64/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$QTDIR/gcc_64/lib

然后source /etc/profile一下，或者重新开个terminal，或者重启都可以。
然后去git克隆mrtrix3

git clone https://github.com/MRtrix3/mrtrix3.git

接着

cd mrtrix3
./configure
./build

然后

./set_path

保持更新

git pull
./build

5、部署
把MRtrix3的 bin/ 和 lib/ 和 share/ 文件放一起。

cd mrtrix3
tar cvfz mrtrix3.tgz bin/ lib/ share/
mkdir /usr/local/mrtrix3
cp mrtrix3.tgz /usr/local/mrtrix3/

然后解压

cd /usr/local/mrtrix3/
tar -xvf mrtrix3.tgz

然后删除掉压缩包。
最后配置环境

export PATH=/usr/local/mrtrix3/bin:"$PATH"

不过这个环境是一次性的，还是要添加进全局环境，操作同前，输入sudo gedit /etc/profile，把这句话添加进文件里，就永久添加了。
坑：从这里走下来，基本没啥大坑，一些基础的命令网上都可以搜到。然后可以随便输入一个命令，比如dwi2mask，输入dwi2，然后按tab，如果出现了dwi2mask就说明安装成功了，可以自由使用mrtrix3的函数了。

后面关于mrtirx3的一些功能，得自己去慢慢摸索。
这个和conda的区别，类似于，举个例子，别人把环境部署好了放在conda下，从conda下载环境，就可以在conda下直接运行（类似于window下的docker），但是得先进conda再打开mrtrix3。而从源代码安装，就可以开机直接引用函数。（因为mrtix3仅仅是个包含了一百多个函数的工具包，并不是一个软件，没有提供GUI，就是这么个意思）。

到这里，基本没啥特别的坑，按照这个流程基本可以顺畅的安装好并使用。有一个关于新手的坑，就是在配置全局环境的时候，如果$符号或者PATH等语句粗心打错了，就会发现重启后进不去ubuntu了，一直卡在登录界面上。

这个时候就在登录界面按ctrl+alt+F2进去命令界面。加F1是图形登录界面，F2是命令界面，或者顺着F1按到F7都可以，然后会提示login，这个时候输入账号密码，记住别输错了，基本就可以进去，然后sudo vi /etc/profile，把错误的环境语句删除，保存退出，然后reboot，就可以进去登录了。如果觉得我说的太粗浅，可以去网上搜，很多文章提到这方面，因为不是特性问题，就不单独讲了。

总的来说，安装mrtrix3整体上感觉不太难，跟fsl，freesufer难度差不多。