冷冻电镜单颗粒图像聚类/降噪评价标准

1.Lei H , Yang Y . CDAE: A Cascade of Denoising Autoencoders for Noise Reduction in the Clustering of Single-Particle Cryo-EM Images[J]. Frontiers in Genetics, 2021

本文设计了一个级联型降噪自编码器（CDAE），三个模块级联，每个模块包含一个卷积自编码器，由不同SNR的模拟数据进行预训练，并由目标数据集进行微调。

使用了PSNR(peak signal-to-noise ratio)来评价降噪效果，计算公式如下：

其中𝑀𝐴𝑋𝐼2其中为图片可能的最大像素值，例如255（8bit）。

数据集（PDB IDs）：5wth, 5k0y, 5flc, and 5gjq；

4个结构，每个结构4种角度，每个角度1000张图像。

2.G. Ji, Y. Yang and H. Shen, "IterVM: An Iterative Model for Single-Particle Cryo-EM Image Clustering Based on Variational Autoencoder and Multi-Reference Alignment," IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM)

本文设计了一个迭代型降噪自编码器（IterVM），在每次迭代中，它使用无监督的生成模型（即变分自动编码器（VAE））来学习图像中包含的潜在信息。 训练模型后，它会从训练数据中获取解码图像，然后使用基于k-means的算法进行聚类和对齐。

使用FMI指数为聚类评价标准：

数据集（PDB IDs）：5flc, 5gjq and 5k0y；

3个结构，每个结构3种角度，每个角度900张图像

3.Sorzano C , Bilbao-Castro J R , Shkolnisky Y , et al. A clustering approach to multireference alignment of single-particle projections in electron microscopy[J]. Journal of Structural Biology, 2010

本文提出了经典的cl2d聚类算法，在xmipp包中可以找到

使用类内角度差Angular distance即同一cluster中样本投影角度差距来评价聚类效果，越小聚类效果越好，一般给出样本类角度差的概率分布，如下所示：

评价数据集使用PDB编号为1BRD的颗粒，生成10000个随机投影角度的投影，分别添加SNR=1/3和SNR=1/30的噪声。

本文也分析了聚类算法的平均图和三维重构结果，用来证明该算法的优越性。

如下类平均图，使用ml2d算法得到一个类，用cl2d（目标算法）可以分成4类：

如下所示，使用真实电镜结果重构，用cl2d分类后得到的颗粒的重构结果（a->b、c）和用全部颗粒得到的重构结果是相似的

3.Reboul C F , Bonnet F , Elmlund D , et al. A Stochastic Hill Climbing Approach for Simultaneous 2D Alignment and Clustering of Cryogenic Electron Microscopy Images[J]. Structure, 2016.

第三篇文章，也是主要分析了平均图和三维重构结果（这里增加了对使用类平均图得到三维重构结果的分析）

A为数据集；B为目标方法得到的聚类类内平均图；C为k-means得到的聚类类内平均图。可见C出现了类规模失衡（类崩塌，group collapse）现象

下图分析了三维重构的表现，注意F对比了用该算法类平均图得到的三维结构的表现效果

(A) 三个使用SHC类平均图得到的三维结构

(B) 在基于SHC算法的迭代聚类和对齐过程中，两个IP3R类平均图的演变

(C) IP3R使用SHC类平均图得到的三维结构.

(D) Plasmodium falciparum 80S ribosome使用SHC类平均图得到的三维结构

(E)真实投影与类平均图的对比

(F) TRPV1 使用类平均图重构得到的三维结构与真实结构低通滤波器滤波（15埃）对比

(G)真实投影与类平均图的对比

总结一下，要评价电镜颗粒图像聚类效果，可以用生成数据集计算聚类accuracy、FMI、Angular distance 等等（评价其他领域聚类效果的指标也可以用），当然，作为结构生物学家往往更注重对解得的结构的影响，因此也可以对比分析聚类后挑选的颗粒（或者直接用类平均图）得到的三维结构