Cryo-EM数据集导航

主要网站:
Protein Data Bank in Europe (PDBe)

https://www.ebi.ac.uk/pdbe/

The European resource for the collection, organisation and dissemination of 3D structural data (from PDB and EMDB) on biological macromolecules and their complexes.

Unified Data Resource for 3DEM

https://www.emdataresource.org/index.html

Global resource for 3-Dimensional Electron Microscopy (3DEM) structure data archiving and retrieval, news, events, software tools, data standards, validation methods, and community challenges

EMPIAR 

https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/

EMPIAR, the Electron Microscopy Public Image Archive, is a public resource for raw, 2D electron microscopy images. Here, you can browse, upload and download the raw images used to build a 3D structure.

the Electron Microscopy Data Bank(EMDB) 

https://wwwdev.ebi.ac.uk/emdb/

EMDB (the Electron Microscopy Data Bank) is a public repository for electron cryo-microscopy maps and tomograms of macromolecular complexes and subcellular structures. It covers a variety of techniques, including single-particle analysis, electron tomography, sub-tomogram averaging, fibre diffraction and electron crystallography.

### 关于cryo-EM数据集下载 为了获取与冷冻电子显微镜(cryo-EM)相关的单颗粒图像(SPI)数据集,可以访问公共数据库如Electron Microscopy Data Bank (EMDB)[^1]。该资源提供了大量经过同行评审的数据集合,适用于研究目的。 另一个重要的在线平台是The Protein Data Bank(PDB),其中不仅包含X射线晶体学结构也收录了一些通过冷冻电镜解析出来的生物大分子复合物模型及其对应的密度图文件[^2]。对于更专业的需求来说,《Dynamo》官方网站提供了一个名为 Dynamo 的软件包,可以从其关联页面找到更多关于样品制备以及实验设计方面的指导信息。 此外,在一些学术机构和个人博客上也能发现由研究人员分享的小规模测试用例或教程性质的数据集链接。例如有博主在其个人主页中提到过如何利用Python脚本来处理特定格式(.mrc)下的微观影像资料[^4]。这表明社区内存在活跃交流和技术共享的文化氛围,有助于新手入门学习并实践相关技能。 值得注意的是,当涉及到具体项目所需的真实世界样本时,则需联系相应实验室或者参与合作计划来合法合规地取得授权使用的高质量原始观测结果。 ```bash wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/structures/<structure_id>/map/emd_<number>.map.gz gunzip emd_<number>.map.gz ``` 上述命令展示了从EMDB下载压缩后的三维重建映射文件并通过解压得到可用版本的方法;实际操作前应查阅目标存储库的具体说明文档以确保遵循最新指引。
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