sra、fastq等文件的数据库下载

最新推荐文章于 2024-04-28 20:19:54 发布

Heather.L

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分类专栏：生信文章标签：生物信息学 linux

本文链接：https://blog.csdn.net/u012467710/article/details/113361902

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aspera测试下载命令ascp -l 100M -P 33001 -QT -k 2 -i /root/miniconda3/envs/qiime2-2020.11/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz ./test.fq.gz下载速度能有56.7Mb/s 非常令人感动了文件最后的保存地址是ubuntu默认下载文件

摘要由CSDN通过智能技术生成

不考虑时长的笨逼法

寻找sra下载地址

最快的aspera

安装

最好是在conda环境下安装

conda activate
conda install -c bioconda sra-tools=2.9.6
conda install -c hcc aspera-cli=3.7.7  #最好下载指定版本，否则可能出现不兼容的问题

找好下载地址，网上最多的NCBI的ftp.ncbi.nlm.nih.gov已经没法使用，NIH 已经不存在sra-instant这个目录了，建议进入ENA网站，输入相应编号SRR，可以获得相应的链接，找到对应的项目，如下：
网站截图
这里只提供fastq的下载，右键下载地址，点击复制链接

观察下载地址规律

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR690/004/SRR6901784/SRR6901784_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR690/005/SRR6901785/SRR6901785_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR690/009/SRR6901839/SRR6901839_1.fastq.gz

发现存放的文件夹是以尾号数字决定的

测试下载命令

ascp -QT -l 500m -P 33001 -i /bigdata/fengsw/min

最低0.47元/天解锁文章

Heather.L

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sra、fastq等文件的数据库下载

aspera测试下载命令ascp -l 100M -P 33001 -QT -k 2 -i /root/miniconda3/envs/qiime2-2020.11/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz ./test.fq.gz下载速度能有56.7Mb/s 非常令人感动了文件最后的保存地址是ubuntu默认下载文件
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