sra、fastq等文件的数据库下载

不考虑时长的笨逼法

寻找sra下载地址

最快的aspera

安装

最好是在conda环境下安装

conda activate
conda install -c bioconda sra-tools=2.9.6
conda install -c hcc aspera-cli=3.7.7  #最好下载指定版本，否则可能出现不兼容的问题

找好下载地址，网上最多的NCBI的ftp.ncbi.nlm.nih.gov已经没法使用，NIH 已经不存在sra-instant这个目录了，建议进入ENA网站，输入相应编号SRR，可以获得相应的链接，找到对应的项目，如下：

这里只提供fastq的下载，右键下载地址，点击复制链接

观察下载地址规律

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR690/004/SRR6901784/SRR6901784_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR690/005/SRR6901785/SRR6901785_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR690/009/SRR6901839/SRR6901839_1.fastq.gz

发现存放的文件夹是以尾号数字决定的

测试下载命令

ascp -QT -l 500m -P 33001 -i /bigdata/fengsw/min