R包GSVA安装报错解决

安装

> library(remotes)
> install_github("rcastelo/GSVA")

运行报错

问题：unable to load shared object ，不能从HDF5Array包中载入对象。

排错

可能是HDF5Array包的问题，于是载入HDF5Array包看看

> library(HDF5Array)

载入出错，同样也是unable to load shared object

回想之前用conda安装rhdf5，可能当时装这个包的时候没装好，导致HDF5Array可能也没装好？

于是卸载HDF5Array，重新安装

> remove.packages("HDF5Array")
Removing package from ‘/home/zhangbin/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’
(as ‘lib’ is unspecified)

重新安装也出错，提示版本不对

接下来尝试在没有HDF5Array包的情况下，直接安装GSVA

结果意外的安装成功，

查看运行日志发现，GSVA在安装的时候发现没有HADF5Array这个包，就自动把HDF5Array安装上了

最后GSVA也就成功安装上了

总结：有的R包没有安装好，导致依赖该R包的其他R包安装出错，我们可以把这个R包的依赖包卸载后重新安装，如果重新安装也出错，或许可以尝试卸载依赖包后，让R包在安装过程中自动安装它所需要的依赖包。