安装
> library(remotes)
> install_github("rcastelo/GSVA")
运行报错
问题:unable to load shared object ,不能从HDF5Array包中载入对象。
排错
可能是HDF5Array包的问题,于是载入HDF5Array包看看
> library(HDF5Array)
载入出错,同样也是unable to load shared object
回想之前用conda安装rhdf5,可能当时装这个包的时候没装好,导致HDF5Array可能也没装好?
于是卸载HDF5Array,重新安装
> remove.packages("HDF5Array")
Removing package from ‘/home/zhangbin/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’
(as ‘lib’ is unspecified)
重新安装也出错,提示版本不对
接下来尝试在没有HDF5Array包的情况下,直接安装GSVA
结果意外的安装成功,
查看运行日志发现,GSVA在安装的时候发现没有HADF5Array这个包,就自动把HDF5Array安装上了
最后GSVA也就成功安装上了
总结:有的R包没有安装好,导致依赖该R包的其他R包安装出错,我们可以把这个R包的依赖包卸载后重新安装,如果重新安装也出错,或许可以尝试卸载依赖包后,让R包在安装过程中自动安装它所需要的依赖包。