【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-第2-4讲 DNA 染色体 DNA复制

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于 2022-05-08 22:49:02 首次发布

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【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版笔记-目录

1. DNA 和染色体
2. DNA 的复制 (DNA Replication)
3. 基因组 DNA 序列的变异与修复

1. DNA 和染色体

1.1. DNA 的化学组成

单核苷酸：磷酸-[磷酸酯键]-戊糖-[糖苷键]-碱基

碱基 base:
- 嘌呤 (Adenine/Guanine)：二元环，有氨基（-NH2）；G 有氧
- 嘧啶 (Cytosine/Thymine/Uracil)：一元环，C 只有一个氧，有氨基；T 有甲基-CH3
- 核酸的修饰：碱基上的氨基被氧化
戊糖 ribose：
- 戊糖 2,3,5 位有羟基-OH，核糖核苷酸的 2’是羟基，脱氧核糖核苷酸的戊糖 2’无氧（脱氧），3’或 5’羟基与磷酸形成磷酸酯键。
- DNA 合成方向：5’→3’，DNA 链生成是单核苷酸 5’-磷酸基团向核酸链的 3’-OH 发起进攻。
磷酸 phosphate

1.2. DNA 表示方法

脱氧核苷酸的排列顺序称为 DNA 序列，又叫 DNA 的一级结构（如 TCA, 默认方向是 5’→3’)
DNA 分子大小表示：bp, 碱基 (base 或 kilobase) 数目。
生物细胞内 DNA 总量：C 值，通常是指一种生物单倍体基因组 DNA 的总量，以每细胞内的皮克 (pg) 数表示。

1.3. 真核生物染色体 DNA 序列的特点

具有重复序列

/	碱基组成	重复次数	占 DNA 总量 (%)	基因类型
不重复序列	750-2000	1-几个	10-80%	结构基因
中度重复序列		10¹-10⁴	10-40%	rRNA, tRNA, 组蛋白基因
高度重复序列	6-100	数百万次	10-60%	卫星 DNA

卫星 DNA (satellite DNA) : 又称随体 DNA。真核细胞 DNA 的一部分是不被转录的异染色质成分，其组成与主体 DNA 不同，因而可用密度梯度沉降平衡技术如氯化铯梯度离心将它与主体 DNA 分离。通常是高度串联重复的 DNA。

编码遗传信息：DNA 序列不同，携带的遗传信息不同。
有些序列编码蛋白质或者 RNA，称为功能 DNA，不编码的称为非功能 DNA（现在发现，非编码区也会编码大量 RNA）。不同生物中功能 DNA 占基因组的比例不同。
基因是 DNA 上的一段编码某种多肽链或 RNA 的顺序，还包括不被转录和不被翻译的具有调节功能的顺序。编码多肽链和 RNA 的基因称为结构基因。

1.4. 基因组

是指一套染色体中的完整的 DNA 序列。

基因组可以特指整套核 DNA, 也可以用于包含自己 DNA 序列的细胞器基因组，如粒线体基因组或叶绿体基因组。线粒体 DNA 和细菌 DNA 类似，能引起人体免疫反应。
基因组的大小：单倍体染色体中所有 DNA 的长度。
基因的数量：一个基因组所包含的基因的的数量。
基因的密度：每 Mb 基因组 DNA 中所包含的平均基因的数量。
基因组大小与生物的复杂性：随着物种复杂度增加，各类生物的基因总数增加，但是基因的密度 (density) 降低。

C 值反常现象 (C-value paradox)

指 C 值（基因组大小）往往与种系的进化复杂性不一致的现象，即基因组的大小与遗传复杂性之间没有必然的联系（目前原因不明），某些较低等的生物 C 值却很大，如一些两栖类物种的 C 值甚至比哺乳动物还大。

真核生物基因组的结构特点

真核基因组庞大，一般都远大于原核生物的基因组。
真核基因组存在大量的重复序列。
真核基因组的大部分为非编码序列 (>90%)，是真核生物与细菌和病毒之间最主要的区别。
真核基因组的转录产物为单顺反子（编码一个基因片段）。原核生物是多顺反子（一个 mRNA 分子编码多个多肽链）。
真核基因是断裂基因，有内含子结构。
真核基因组存在大量的顺式作用元件（启动子、增强子、沉默子）。
真核基因组中存在大量的 DNA 多态性：单核苷酸多态性和串连重复序列多态性。
真核基因组具有端粒 (telomere) 结构。保护线性 DNA 的完整复制、保护染色体末端和决定细胞的寿命等功能。

人类基因组

蛋白质编码区域只占人类基因组非常小的部分（~2-3%）：30 亿对碱基，2-3 万个蛋白质基因。基因数目是果蝇的 2 倍，啤酒酵母的 4 倍。
其它 98% 的基因：人类基因组绝大部分都被转录成 RNA（非编码 RNA, ncRNA）, 细胞内 ncRNA 的数量是编码 RNA 的上百倍。
ncRNA 中约有 24% 为插入编码序列的内含子序列：人类基因平均每个基因有 7 个内含子。
生物的复杂性不由编码蛋白质的数目决定，而是被隐藏在它们所输出的非编码 RNA 内。
ncRNA 是人与其他生物的主要差别：
人和黑猩猩的基因差别为 1‰, 来源于非编码 RNA 。
人和鼠的蛋白质编码基因 99%是共同的。
人个体间单倍体基因组的碱基差异 300 万个，其中 1 万个 (0.3%) 出现在蛋白质编码基因中，绝大多数存在于非编码 RNA。

ncRNA 功能

翻译：rRNAs and tRNAs
mRNA 成熟：snRNA 识别剪接位点
RNA 修饰：snoRNA 将尿苷（uridine）修饰变成假尿苷 (pseudo-uridine）
调节基因的表达与翻译：miRNAs
DNA 复制：端粒酶 RNA 作为合成端粒重复序列的模板

1.5. DNA 在真核细胞中的结构

DNA 双螺旋结构 DNA double helix

DNA 是由两条互相平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成的。
DNA 分子中的脱氧核糖和磷酸交替连接，排在外侧，构成基本骨架，碱基排列在内侧。
两条链上的碱基通过氢键相结合，形成碱基对。

碱基互补配对原则

在 DNA 分子中，嘌呤永远与密啶配对
腺嘌呤（A）= 胸腺喀啶（T） 2 个氢键
鸟嘌呤（G）≡ 胞啶（C）3 个氢键

DNA 构象

真核生物 DNA 以双螺旋的形式存在 A、B、Z 三种结构，B-DNA 是最常见的 DNA 构象
右手螺旋 DNA
1. B-DNA: A-T 丰富的 DNA 片段
2. A-DNA（对基因表达有重要意义）
  - DNA-RNA（处于转录状态的 DNA)
  - RNA-RNA (dsRNA)
左手螺旋 DNA
- Z-DNA 结构：1977 年 Rich 等人用人工合成的 dCGCGCG 六核酸进行 X-射线晶体衍射分析，观察到一种特殊的左手双螺旋结构，骨架走向呈锯齿状 (Zig-zag)，称 Z-DNA。

A、B、Z-型 DNA 三种结构比较

/	A	B	Z
外型	粗短	适中	细长
螺旋方向	右手	右手	左手
螺旋直径	2.55nm	2.37nm	1.84nm
碱基直升	0.23nm	0.34nm	0.38nm
每圈碱基数	11	10	12
碱基倾角	20°	0°	7°
大沟	很窄很深	很宽较深	平坦
小沟	很宽、浅	窄、深	较窄很深

特殊的 DNA 碱基序列可以有特殊的二级结构

DNA 回文序列会形成 DNA 发夹结构或 DNA 十字架结构

DNA 的三螺旋结构（H-DNA）

Hoogsteen 碱基配对
三链结构：在 Waston-Crick 双碱基配对基础上，加入第三条链配对，形成 C≡G·C⁺（两个氢键）或 T=A·T 的三螺旋结构。
DNA 三股螺旋结构（H 型-DNA）常出现在 DNA 复制、转录、重组的起始位点或调节位点，如启动子区。
第三股链的存在可能使一些调控蛋白或 RNA 聚合酶等难以与该区段结合，从而阻遏有关遗传信息的表达。

DNA 的四螺旋结构

真核生物 DNA 3’-末端（端粒）是富含 GT 的多次重复序列，因而自身形成了折叠的四链结构。

DNA 超螺旋结构（superhelix 或 supercoil）

正超螺旋：盘绕方向与双螺旋方向相同
负超螺旋：盘绕方向与双螺旋方向相反
意义：
- 使 DNA 形成高度致密状态从而得以装入核中；
- 推动 DNA 结构的转化以满足功能上的需要。如负超螺旋分子所受张力会引起互补链分开导致局部变性，利于复制和转录。
研究细菌质粒 DNA 时发现，天然状态下该 DNA 以负超螺旋为主，稍被破坏即出现开环结构，两条链均断开则呈线性结构。在电场作用下，相同分子质量的超螺旋 DNA 迁移率 > 线性 DNA 迁移率 > 开环的 DNA 迁移率，以此可判断质粒结构是否被破坏。

苏木精-伊红染色法（HE 染色） hematoxylin-eosin staining

石蜡切片技术里常用的染色法之一。
苏木精染液为碱性，主要使细胞核内的染色质与胞质内的核酸着紫蓝色；
伊红为酸性染料，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色。

1.6. 染色体 chromosome

真核生物 DNA 的存在形式：在细胞周期的大部分时间里，DNA 以松散的染色质 (chromatin) 形式存在，在细胞分裂期，则形成高度致密的染色体 (chromosome)。
原核与真核细胞染色质的比较
- 原核细胞中：DNA 存在于称为拟核 (nucleoid) 的结构区。每个原核细胞一般只有一个染色体，每个染色体含一个双链环状 DNA。
- 真核细胞中：DNA 主要集中在细胞核内，线粒体和叶绿体中均有各自的 DNA。
真核细胞染色体的特征：
1. 分子结构相对稳定；
2. 能够自我复制，使亲子代之间保持连续性；
3. 能够指导蛋白质的合成，从而控制整个生命过程；
4. 能够产生可遗传的变异。
真核细胞染色体的组成
1. DNA
2. RNA：尚未完成转录而仍与模板 DNA 相连接的；ncRNA 参与中心粒的形成等功能。
3. 组蛋白：8