【影像组学】从特征筛选到分类建模全流程实践及作图


1. 数据准备

# 导入包
import pandas as pd
import numpy as np
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from scipy.stats import ttest_ind, levene
from sklearn.linear_model import LassoCV
from sklearn.utils import shuffle
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier
import seaborn as sns # 作图包
import matplotlib.pyplot as plt # 作图包
from sklearn.metrics import roc_curve, roc_auc_score, classification_report # ROC 曲线 AUC 分类报告

# 导入数据
xlsx_a = 'data/featureTable/aa.xlsx'
xlsx_b = 'data/featureTable/bb.xlsx'
data_a = pd.read_excel(xlsx_a)
data_b = pd.read_excel(xlsx_b)
print(data_a.shape,data_b.shape)
# (212, 30) (357, 30)

# 数据预处理(加分组标签后合并)
rows_a,cols_a = data_a.shape
rows_b,cols_b = data_b.shape
labels_a = np.zeros(rows_a)
labels_b = np.ones(rows_b)
data_a.insert(0, 'label', labels_a)
data_b.insert(0, 'label', labels_b)
data = pd.concat([data_a,data_b])

# 数据集划分
data_train, data_test = train_test_split(data,test_size=0.3, random_state = 15)
data_train_a = data_train[:][data_train['label'] == 0]
data_train_b = data_train[:][data_train['label'] == 1]
data_test_a = data_test[:][data_test['label'] == 0]
data_test_b = data_test[:][data_test['label'] == 1]
print(data_train_a.shape)
print(
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影像组学流程是指利用影像学数据进行特征提取、建模和预测的过程。在R语言中,可以使用RStudio这个集成开发环境来完成影像组学流程分析。 首先,确保你已经安装了R和RStudio。RStudio是一个美观、人性化的窗口,提供了方便的操作和调试功能,支持纯R脚本、Rmarkdown、Bookdown和Shiny等多种方式。 接下来,你可以参考引用\[1\]中提供的论文《Development and validation of an MRI-based radiomics nomogram for distinguishing Warthin’s tumour from pleomorphic adenomas of the parotid gland》的方法进行复现。你可以在RStudio中使用RMarkdown来运行完整的代码。 在运行之前,你需要先下载glioma.7z压缩包,并将其解压缩。然后,你可以在RStudio中创建一个新的RMarkdown文件,将代码复制到文件中,并按照代码中的指示进行操作。代码中包括了对临床和影像组学特征进行建模,并绘制Lasso回归图、ROC曲线、诺模图、校准曲线和决策曲线等。 总之,使用RStudio的RMarkdown可以帮助你完成影像组学流程的分析,包括特征提取、建模和可视化等步骤。R语言作为一门统计计算语言,提供了丰富的函数和包,可以满足影像组学分析的需求。 #### 引用[.reference_title] - *1* [实现影像组学流程](https://blog.csdn.net/weixin_42990106/article/details/122102397)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* *3* [【影像组学导论】Radiomics实现之R语言入门!](https://blog.csdn.net/weixin_40166430/article/details/119812123)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]

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