单倍型分析过程，旧+新，1.0版本（下）

旧版消耗时间过长，过于麻烦，接下来看一下我最近刚刚学到的新版

新版有可能有一些隐藏的问题，因为我只浅浅试了一个小的数据，

一.参考文

geneHapR: an R package for gene haplotypic statistics and visualization | BMC Bioinformatics | Full Text (biomedcentral.com)单倍型分析 - 简书 (jianshu.com)

什么，都2302年了，您还在用Excel分析单倍型呢？？！
在这里向推荐大家使用geneHapR。

我刚刚开始使用这个geneHapR包的时候，

1，报错最多的是，

遇到rtools有问题，解决了老半天，把我的R4.3整崩了，重新下载R，重新下载后Rtudio里面的R路径记得改一下，rtools我是根据下面文章解决的。R 4.0 版本安装 rtools40教程，解决 Rtools is required to build R packages but is not currently installed 问题-CSDN博客

library(ggplot2)
library(geneHapR)

先加载两个包，由于library(geneHapR)依赖包比较多，按照RStudio里面的报错信息逐一解决就行。

2，准备工作

2.1，先读取，plink生成的ped,map文件，还有一个df_group.csv文件，里面包含一些信息

在根据代码一步一步的走下去的时候，在列表展示单倍型和频率，出现报错，

这一步根据提示需要弄简并碱基，把下面这个文件放在EXCEL里面打开，根据简并碱基的方式处理一下

再重新跑一下数据，结果出来了。

除了这个 geneHapR包，在R里面还有一些其他的包，我还没试过，有机会再试一下。

生信:haplotype 单倍型分析全解，基于vcf文件进行基因单倍型分析 (qq.com)