旧版消耗时间过长,过于麻烦,接下来看一下我最近刚刚学到的新版
新版有可能有一些隐藏的问题,因为我只浅浅试了一个小的数据,
一.参考文
geneHapR: an R package for gene haplotypic statistics and visualization | BMC Bioinformatics | Full Text (biomedcentral.com)单倍型分析 - 简书 (jianshu.com)
什么,都2302年了,您还在用Excel分析单倍型呢??!
在这里向推荐大家使用geneHapR。
我刚刚开始使用这个geneHapR包的时候,
1,报错最多的是,
遇到rtools有问题,解决了老半天,把我的R4.3整崩了,重新下载R,重新下载后Rtudio里面的R路径记得改一下,rtools我是根据下面文章解决的。R 4.0 版本安装 rtools40教程,解决 Rtools is required to build R packages but is not currently installed 问题-CSDN博客
library(ggplot2)
library(geneHapR)
先加载两个包,由于library(geneHapR)依赖包比较多,按照RStudio里面的报错信息逐一解决就行。
2,准备工作
2.1,先读取,plink生成的ped,map文件,还有一个df_group.csv文件,里面包含一些信息
在根据代码一步一步的走下去的时候,在列表展示单倍型和频率,出现报错,
这一步根据提示需要弄简并碱基,把下面这个文件放在EXCEL里面打开,根据简并碱基的方式处理一下
再重新跑一下数据,结果出来了。
除了这个 geneHapR包,在R里面还有一些其他的包,我还没试过,有机会再试一下。